ארצות הברית התבססה בתחילת קיומה על כלכלה חקלאית בצורה מאוד נרחבת. פקידים בממשלה הפדרלית חיפשו במשך זמן רב דרכים לשפר את מגוון הזרעים, צמחים ובעלי חיים שמיובאים לתוך ארצות הברית. ב-1836, הנרי ליביט אלסוורת', אדם שהתעניין בשיפור החקלאות, התמנה לתפקיד נציב הפטנטים, תפקיד שהיה חלק ממחלקת המדינה. זמן קצר לאחר מכן הוא החל לאסוף ולהפיץ סוגים חדשים של זרעים וצמחים באמצעות חברי קונגרס ואגודות חקלאיות. ב-1839 הקונגרס ייסד את חטיבת החקלאות בתוך משרד הפטנטים והקציב 1,000$ עבור "איסוף סטטיסטיקות חקלאיות ולמטרות חקלאיות אחרות".
רצונו של אלסוורת' לסייע לחקלאות בלט בדיווחים השנתיים שלו שקראו להקמת מחסן ציבורי שישמש לשימור והפצה של סוגי צמחים וזרעים חדשים, הקצאת פקיד שיטפל בסטטיסטיקות החקלאיות, הכנה של דוחות על התוצרת החקלאית באזורים שונים, והיישום של כימיה לחקלאות. ב-1849 משרד הפטנטים הועבר למחלקה החדשה שנוצרה – מחלקת הפנים. בשנים שלאחר מכן, התפתח הרצון להקים לשכה נפרדת לחקלאות בתוך מחלקת הפנים או לחלופין להקים מחלקה נפרדת לחקלאות.
ב-15 במאי1862, הנשיאאברהם לינקולן ייסד את מחלקת החקלאות העצמאית שבראשה עמד נציב בעל מעמד של חבר קבינט. לינקולן קרא למחלקה "המחלקה של העם".
בשנות ה-80 של המאה ה-19, קבוצות בעלות עניין לחצו לייצוג בקבינט. אנשי עסקים בעלי אינטרסים ביקשו שתוקם מחלקת מסחר ותעשייה. חוואים ניסו לגרום להפיכתה של מחלקת החקלאות לחלק מהקבינט. ב-1887, בית הנבחרים והסנאט דנו במספר הצעות חוק שאמורות היו לתת מעמד של חברת קבינט למחלקת החקלאות והעבודה, אולם אינטרסים של חקלאים שהתנגדו לרכיב של העבודה גרמו לגניזת החוקים בדיונים שנערכו. לבסוף, ב-9 בפברואר 1889, הנשיא גרובר קליבלנד חתם על הצעת חוק שהפכה את מחלקת החקלאות לחברת קבינט. במשך רוב ההיסטוריה שלה, המחלקה נתנה יחס מפלה לחוואים אפרו-אמריקאים, מנעה מהם הלוואות וגישה לתוכניות אחרות, וזאת עד לשנות ה-80 של המאה ה-20.
במהלך השפל הגדול, חוואות נשארה דרך חיים נפוצה עבור מיליוני אמריקנים. מחלקת החקלאות הייתה חיונית בסיוע לאנשים נזקקים שהיו צריכים לשרוד את התקופה הקשה. כמה מהפעולות הבולטות שלה היו:
דאגה וסיוע לכך שהמזון ימשיך להיות מיוצר ומופץ לאלה שצריכים אותו.
הלוואות לחוואים עם חוות קטנות.
סיוע לחינוך של ילדי הכפרים.
באופן זה, מחלקת החקלאות הפכה למקור של נחמה לאנשים שנאבקו לשרוד באזורים הכפריים.
כיום, רוב התוכניות הקשורות להפצת ואספקת מזון ולהזנה של אמריקנים כמו גם חינוך תזונתי נאות לאלה שזקוקים לו, מנוהלות על ידי שירות המזון והתזונה של המחלקה.
כמו כן, המחלקה מסייעת לחקלאים לשווק את תוצרתם בתוך ארצות הברית ובמדינות אחרות בעולם.
המחלקה ממלאת גם תפקיד בתוכניות סיוע שמעבר לים, על ידי אספקת עודפי מזון למדינות העולם השלישי ועל ידי תמיכה בתוכניות פיתוח, באמצעות סוכנות הפיתוח הבינלאומי של ארצות הברית או ישירות באמצעות ממשלות זרות, גופים בינלאומיים מוכרים או ארגונים ללא כוונת רווח שקיבלו אישור. חוק החקלאות מ-1949, סעיף 416(b) וחוק הסחר וההתפתחות החקלאית מ-1954 סיפקו את הבסיס החוקי לפעולות אלה.
מערכת זיהוי החיות הלאומיות של המחלקה מסייעת לעסקי חקלאות גדולים ולחוות עם מפעלים לאתר מחלות בעדרים, כיוון שבקרה זו נחוצה על מנת לאפשר את מכירת הבשר מחוץ למדינה.
המחלקה כללה בעבר את שירות ייצוב ושימור החקלאות (ASCS) היה חלק מהמחלקה, אולם כיום הוא אינו פעיל עוד.
יחידות תפקודיות
שירות השיווק החקלאי (AMS)
שירות המחקר החקלאי (ARS)
שירות הבקרה על בריאות צמחים ובעלי חיים (APHIS)
המרכז למדיניות תזונה ולקידום (CNPP)
שירות המחקר הקואופרטיבי המדינתי, החינוך וההתרחבות (CSREES)
