המועדון נוסד בדצמבר 1982 ומיד החל לשחק במסגרת גביע הידידות של דרום בוגוטה, טורניר החובבנים החשוב ביותר של העיר. ב-1993 עברה הקבוצה לשחק בליגה השלישית בקולומביה שנקראת פרימרה סה (בספרדית Primera C) וזוהי בעצם ליגת חובבים תחת פיקוח ההתאחדות החובבנית לכדורגל (Difutbol). בשנת 2003 נרשמה הקבוצה אצל מנהלת הליגה הקולומביאנית, הדימאיור והפכה לקבוצה מקצוענית ששיחקה בליגה השנייה ובשנת 2006 תחת הדרכתו של המאמן אלכסיס גרסיה, זכתה בתואר בליגה זו, מה שהקנה לה את ההעפלה לליגה הבכירה.
סגנות בעונת הבכורה
באופן טבעי כעולה חדשה הסמסטר הראשון של 2007 לא היה טוב והקבוצה סיימה במקום האחרון עם שני ניצחונות בלבד, אבל בסמסטר השני היא הדהימה את כולם. היא הצליחה להעפיל לפלייאוף כשהיא מסיימת את הליגה הסדירה במקום השני עם 34 נקודות אחרי אתלטיקו נסיונל ובפלייאוף מוגרלת לאותו בית יחד עם דפורטיבו פאסטו, דפורטס טולימה ובויקה צ'יקו. לה אקידד סיימה עם 12 נקודות במקום הראשון והעפילה למשחק הגמר, שם פגשה את נאסיונל. את המשחק הראשון היא אירחה באצטדיון אל קמפין הגדול והובסה 0–3, מה שהפך את המשחק השני במדיין לפרוטוקול בלבד ואכן אחרי 0-0 הוכתרה אתלטיקו נסיונל כאלופה. הקבוצה כללה שמות כמו סטלין מוטה, רומן טורס, רוברטו פולו, קרלוס בחארנו וג'רסון קורדובה שהיו בין היתר שחקני המפתח באותה עונה.
ב-2009, שנתיים לאחר העפלתה לליגה הבכירה, לה אקידד כבר הופיעה בקופה סודאמריקנה. היא פגשה את הקבוצה הצ'ילאנית אוניון אספניולה וסיימה איתה בבית בתיקו 2-2 משערים של אריאל קרניו ושער עצמי של סבסטיאן מיראנדה. בגומלין חוסר הניסיון של לה אקידד גרם לכך שהם הפסידו 0–1 והודחו מהמפעל.
שנה מאוחר יותר, בטורניר הקלאוסורה 2011, שוב הצליחה הקבוצה להגיע לגמר ושוב פגשה שם את אתלטיקו נסיונל. במשחק הראשון בביתה גברה לה אקידד על נסיונל 1–2 משערים של אדווין ריבאס וחואן נונייס. במשחק הגומלין במדיין, הצליחה נאסיונאל לבצע מהפך ולהוליך 0–2 לקראת סיום המשחק מה שהיה מזכה אותה בתואר, אבל רוברטו פולו בשער דרמטי בתוספת הזמן צימק ל-1–2 והישווה את הסדרה ל-3-3. ההכרעה עברה לדו-קרב פנדלים שאותו ניצחה נסיונל 2–3 ושוב הותירה את לה אקידד רק עם הסגנות.
