בתורה הוזכרו במפורש רק ארבעה מסממני הקטורת, על פי התורה שבעל פה,נכללו בהכנתה מרכיבים נוספים אשר נמסרו למשה בסיני ועברו מדור לדור. פירוט שלהם מוזכר בחז"ל, ומנוי בספרי ההלכה. כך למשל בחיבורו של הרמב"ם המשנה תורה:
אחד עשר סממנים נאמרו לו למשה מסיני והם שעושין אותה במשקל מכוון ומוסיפין עמהן בלא משקל מלח סדומית וכפת הירדן ועשב אחד שמעלה עשן ולא היו יודעים אותו אלא אנשים ידועים והוא היה הלכה בידם איש מפי איש.
תנו רבנן, פיטום הקטורת הצרי והציפורן והחלבנה והלבונה... מור וקציעה שיבולת נרד וכרכום... הקושט... קילופה... וקנמון... בורית כרשינה... יין קפריסין... אם אין לו יין קפריסין מביא חמר חיוריין עתיק, מלח סדומית...מעלה עשן... ר' נתן אומר אף כיפת הירדן... ואם נתן בה דבש פסלה. חיסר אחת מכל סממניה חייב מיתה.
הכנת הקטורת (בלשון המשנה: "פיטום הקטורת"), הייתה מלאכה שדרשה מומחיות רבה. בימי בית המקדש השני, מומחיות הכנת הקטורת הייתה בידי משפחת בית אבטינס, אשר שמרו מכל משמר על סוד הכנת קטורת הסמים.
הראשונים ומפרשי הגמרא מביאים מספר פירושים שונים לזיהויו של כיפת הירדן.
הרמב"ם מזהה אותו כענבר, יש המזהים אותו עם הרקפת, או עם אוסף של דברים שונים שנאספו על מי נהר הירדן. יש האומרים שפשוט הוסיפו מעט חומר דליק[3]. ייתכן גם שהכוונה לשרף עצים שהתאבנותו יוצרת ענבר.
האבודרהם מזכיר דעה שהוא הבושם הנקרא בערבי עובר, שאף הוא גדל על הירדן.
רבינו גרשום, במסכת כריתות ו' עמ' מזהה אותו ביש אומרים, כרעי של דג {צואה או קיא} כלומר כ ענבר אפור
את שמו של מרכיב זה הסבירו בכמה אופנים. כיפת פירושה "שפת", כלומר שפת הירדן. ומפני שגודל על שפת הירדן מכונה כך. או שכפה זו הצורה בה גדל ונראה עשב זה על פני השטח.
יש שסברו שאין חובה להביא את המרכיב הזה דווקא מהירדן, וצוין הירדן כי בדרך כלל הוא היה מצוי או מובא משם.
חלק מהמרכיבים שצוינו במעשה פיטום הקטורת, שימשו רק לשם הכנת הסימנים האחרים כגון שהשרו בהם סממן אחר. לא ברור האם כיפת הירדן היה מרכיב בפני עצמו או מרכיב ששימש להכנת אחד הסממנים. למשל בעל המשנה למלך כותב בפירושו על הרמב"ם:
”מוסיפין לה רובע הקב מלח סדומית וכפת הירדן ומעלה עשן כל שהוא ע"כ. לא נתבאר בדברי רבינו המלח וכפת הירדן אם הם צריכים מצד עצמם להקטירם, או שאינם באים כי אם לתקן איזה דבר דומיא (בדומה) ד-בורית כרשינה ויין קפריסין שבאין לתקן הצפורן. ומפשט דבריו נראה שדברים אלו אינם באים לתקן שום דבר אלא הם הכרחים מצד עצמם...”[4].
במחזור ויטרי מציינים שלכיפת הירדן היה בעצמו ריח טוב[5]. לעומת זאת עמנואל חי ריקי כותב בספר משנת חסידים שכאשר היו מערבים את כפת הירדן עם החלבנה, היה יוצא ריח טוב מכפת הירדן. כלומר דווקא ריחה הרע של החלבנה אילץ, את כפת הירדן להוציא ריח טוב.
עוד נסתפקו המפרשים בדבר הנפח והמשקל שהיו צריכים להביא ממנה. וישנה גם דעה שאת כיפת הירדן, הביאו רק כאשר היה חסר מרכיב הכנה אחר שנדרש בהתאם.
גידול כיפת הירדן בירושלים
מפני קדושתה וייחודה של ירושלים, נקבעו תקנות שונות לשמירת אופייה. בין התקנות הללו תיקנו שלא לעשות בה שטחי גידול ופרדסים מפני שהללו מלווים בריחות של דשנים אורגניים. אף על פי כן מספרת הגמרא:
"עשרה דברים נאמרו בירושלים... ואין עושין בה אשפתות ואין עושין בה כבשונות ואין עושין בה גנות ופרדסות חוץ מגנות וורדין שהיו מימות נביאים הראשונים..."
