קוצי הכיפת־קוצים, העשויים ממגנזיום וקלציט, מגיעים לאורך חמישה ס"מ ומכילים רעלנים הנקראים ספונינים. הקוצים מגנים על הכיפת־קוצים מפני טורפים ומזיקים אחרים, כגון האדם. קוצים אלה יכולים להסב לאדם כאבים עזים, גירודים ולפעמים אף לגרום לבחילה והקאות. זרועות הכוכב יכולות להתנתק מהגוף במקרה הצורך, ולהתחדש לאחר מכן.
הכיפת־קוצים ניזונת מאלמוגים, ומהווה אחד הטורפים העיקריים שלהם. היא ניזונת על ידי הוצאת הקיבה דרך הפה, וטריפת רקמת האלמוג. עיכול הרקמה נעשה מחוץ לגוף הכיפת־קוצים תוך שימוש באנזימים שונים המסייעים בפירוק המזון והחשת תהליך העיכול. תוך 24 שעות הכיפת־קוצים מצליחה לטרוף מזון השווה בגודלו לקוטר גופה. לאחר הטריפה נותר מהאלמוג שלד לבן בלבד. הכיפת־קוצים מעדיפה אלמוגים הגדלים מהר ולכן תעדיף את ה־Acropora וה־Montipora ותימנע מאלמוגים אחרים כמו ה־Porites. ישנם אלמוגים כמו ה־Poccilopora וה־Stylophora שפיתחו מנגנוני הגנה נגד הכיפת־קוצים בעזרת סימביוזה עם סרטנים מסוימים. ה־Trapezia, לדוגמה, נצפה כאשר הוא חותך את הרגליים של הכיפת־קוצים ובכך מרחיק אותה מהאלמוג.
לכיפת־קוצים הבוגרת אין אויבים רבים והיא נטרפת בעיקר לפני הגעתה לבגרות, במצבה כלרווה צעירה. בגלל תפוצתה הרבה, ויעילותה כטורף, ישנם היבטים רבים הנחקרים סביב מערכת הטורף־נטרף של כיפת־הקוצים. במיוחד לאור מקרים חוזרים של התפוצצות אוכלוסין כמו זו שהתרחשה בשנות השבעים באוסטרליה.
מערכת איברי הרבייה של כיפת־הקוצים היא מחומשת (כמו של שאר כוכבי הים). לכיפת־קוצים חמישה פתחי רבייה, נקבים זעירים הנמצאים בבסיס הזרועות. מספר איברי הרבייה הוא כפול ממספר הזרועות.
