יצחק בונה, בן יעקב ולאה בֶּלקֵס, נולד בוורשה, פולין, החמישי מבין שישה ילדים, בן למשפחה ציונית אמידה שעסקה במסחר של חומרי בניין בכל אירופה. אמו ואחת מאחיותיו נספו בשואה.
עם סיום לימודיו עבד תקופה בשבמצרים בשל המחסור בעבודת תכנון בארץ ישראל, והיה שותף לתכנון בית חולים ליולדות באלכסנדריה.
מדי שנה היה נוסע בחופשת הקיץ לוורשה לבקר את משפחתו. באחת מהחופשות הללו פגש את רעייתו לעתיד, פלה לבית צוקרמן, אחותו של מרדכי צאנין. השניים נישאו בשנת 1932, ופלה העתיקה את מקום מגוריה לארץ ישראל. השניים קבעו את ביתם בתל אביב, ונולדו להם שלושה ילדים: אילנה, נאוה ודן.
בשנת 1933 חבר לאדריכל מרדכי זברודסקי, והשניים הקימו משרד תכנון זברודסקי את בלקס ברחוב יהודה הלוי 40 בתל אביב. יחדיו תכננו בנייני דירות, אך בשנת 1939 נאלצו לסגור את המשרד בשל מחסור בעבודה. באותה השנה עיברת יצחק את שם משפחתו מבֶלקֵס (Belkes) לבונה (Bonneh).
בין השנים 1942-1945 עבד בונה במחלקת ההנדסה של עיריית תל אביב בתכנון ובפיקוח, תחת מהנדס העיר משה עמיעז.
בשנת 1945 פתח שוב משרד אדריכלים, הפעם לבדו. הוא תכנן בנייני מגורים רבים עבור קבלנים פרטיים בתל אביב וסביבותיה. כמו כן נשכר על ידי גופי ההסתדרות השונים לביצוע עבודות, ביניהן: סניפים של בנק הפועלים, סניפים של לשכת המס של ההסתדרות, בית פעילי ההסתדרות והמכון האפרו-אסייתי (רחוב בארי, תל אביב; נהרס). מבני ציבור נוספים העסיקו את בונה כמו בניינה הראשון של עיריית נתניה.
בשנות ה-60, לאחר שסגר את משרדו, הוזמן על ידי מזכ"ל הוועד הפועל לעמוד בראש מחלקת הנכסים של ההסתדרות. במסגרת תפקידו דאג לתחזוקתם של הבניינים הרבים וניהל את הליכי התכנון של הבנייה החדשה. בונה ניסח את פרוגרמות התכנון, הזמין משרדי אדריכלים לבצוע עבודות התכנון, השגיח באופן צמוד על תכנון וניהול הפרויקטים. כך הוקמו מפעלי תרבות ונופש רבים ברחבי הארץ כדוגמת "כפר הנופש הצרפתי" באשקלון, מלון "מלכת שבא" באילת, בית ההבראה של "מבטחים" בזכרון יעקב ועוד. כמו כן, שימש בונה כבורר בסכסוכים הקשורים לבניה שעלו בבניין היכל התרבות בתל אביב, ובבניין עיריית תל אביב-יפו.
בונה היה מוכר בקהילת האדריכלים וחברם הקרוב של האדריכלים דב כרמי, בנימין אידלסון, זכי שלוש ואחרים. ביתו שימש כמקום מפגש בו התכנסו לעיתים קרובות חבריו השונים, ובמרפסתם התקיימו משחקי ברידג' בימי שבת אחר הצהריים. דב כרמי, שהעריך מאוד את יכולותיו המקצועיות של בונה, שיתף עמו פעולה בפרויקטים שונים שתכנן. בונה היה צלם חובב, ושמר מאות תצלומים ותשלילים. אלו נשמרו באלבומים וכאוספים המוחזקים אצל ילדיו.
