רבי יעקב יצחק נולד לרב אשר רבינוביץ, ששימש כדרשן בעיירה פשדבודז'. בצעירותו היה למדן ואף עמד בראש הישיבה באפטא. נתפס לחסידות בהשפעת רבי משה לייב מסאסוב. רבי דוד מללוב צירפו לחוג תלמידיו של החוזה מלובלין. לפי אחת המסורות כונה "היהודי" משום שתלמידי החוזה לא רצו לקרוא בשמו הפרטי, הזהה לשמו של רבם[1], וכינוהו בסתם "יהודי". רבי יהודה אריה ליב אלתר ה"שפת אמת" מגור פירש, שבחרו בכינוי זה משום "שנתעלה בכל יום כמו מאינו יהודי ליהודי"[2].
עם צמיחתו בתורה ובחסידות הקים חצר בעיירה פשיסחה, דבר שהביא לנתק עם רבו "החוזה". בניגוד לאופי העממי וההמוני של הנהגת רבו, העדיף "היהודי" חוג מצומצם ואיכותי של למדנים בעלי מדרגה גבוהה. על דרכו החדשה והשונה קמו עוררים בקרב החסידים, ורבים מחסידי החוזה לחמו נגדו בחריפות. נפטר בי"ט בתשריה'תקע"ד1813 ונקבר באהל בפשיסחה[3]. את מקומו בהנהגת העדה מילא תלמידו רבי שמחה בונים מפשיסחא.
משפחתו וצאצאיו
"היהודי הקדוש" נישא פעמיים, לשתי אחיות, בנות יעקב קאפיל וגולדה מאפטא. שם הראשונה בריינדל[4], ושם השנייה שיינדל פריידא, ממנה נולדו שני בניו הצעירים. שלושת בניו היו אדמו"רים:
רבי ירחמיאל מפשיסחא. חסידיו של רבי שמחה בונים, הממשיך העיקרי של האב, שבית מדרשו שכן גם הוא באותה עיירה, סברו שדרכו עממית יחסית לדרכו של האב.
נכתבו עליו מספר ספרים: "כתר היהודי", "תורת היהודי", ו"כתבי קודש" העוסקים בליקוט דברי תורתו, "נפלאות היהודי" ו"תפארת היהודי" של המאסף החסידי יועץ קים קדיש ראקאץ העוסקים גם בסיפורים אודותיו. בשנת תשנ"ד יצא לאור הליקוט "קדושת היהודי", ובשנת תשנ"ו יצא לאור "תורת היהודי הקדוש" שני כרכים.
מרטין בובר הפך את היהודי הקדוש לגיבור הרומן ההיסטורי שלו, 'גוג ומגוג'. יצירה זו מתמקדת ביחסיו הנפתלים של 'היהודי' עם רבו, החוזה מלובלין, ובייחוד בשאלת היחס החסידי למלחמת נפוליאון ברוסיה, מלחמה שעוררה תקוות משיחיות עזות בקרב כמה ממנהיגיה של יהדות מזרח אירופה.
^האהל נהרס בימי המלחמה. בשנת ה'תשמ"ה נמצאו יסודות האהל על ידי האדמו"ר מגור רבי יעקב אריה אלתר, אשר יצק מצבה על מקום האהל, אוצר הגנוז, תמוז ה'תשפ"ד, עמ'קכד
^לפי תעודת הפטירה של בנו רבי ירחמיאל, בספר תורת הרבי רבי ירחמיאל.