שתי המדינות כוננו יחסים דיפלומטיים ב-28 באוקטובר1955. ב-1963 פקיסטן פתחה שגרירות בהוואנה, אולם היא נסגרה ב-1968 ונפתחה מחדש רק ב-1980, כדי להיסגר מחדש ב-1990, מסיבות כספיות. בין 1990 ל-2005 לא היו בין המדינות יחסים רשמיים של ממש. רעידת האדמה בקשמיר ב-2005 הביאה לשינוי כיוון, ושני הצדדים בחנו מחדש את היחסים הדיפלומטיים. ב-24 במאי2006 נפגשו נשיא פקיסטן פרבז מושארף ושר החוץ הקובני ברונו רודריגז פרילה. ב-1 בנובמבר2006, שגריר קובה בפקיסטן הכריז ששתי המדינות ניהלו יחסים דיפלומטיים בששת החודשים שקדמו לכך, וכי בכוונתן "לחזק את היחסים בכל התחומים".
הסיוע הקובני ברעידת האדמה בקשמיר
לאחר רעידת האדמה בקשמיר ב-2005, קובה שלחה למעלה מ-2,400 רופאים ואנשי צוות פרא-רפואי והקימה 32 בתי חולים שדה וכן שני מחנות התאוששות. בסך הכל בוצעו 36 טיסות תובלה מקובה לפקיסטן. בנוסף, שתי הטיסות הראשונות כללו רק רופאים שעברו הכשרה צבאית. מעבר לכך, 30 חולים הוטסו לקובה כדי לקבל טיפול רפואי. נשיא פקיסטן מושארף הביע את שביעות רצונו מהסיוע הקובני, והביע הערכה לשירותי הצוותים הרפואיים של קובה[1]. בין אוקטובר 2005 ל-24 בינואר 2006 ביצעו הצוותים למעלה מ-600 אלף התייעצויות, 5,925 ניתוחים ושירתו ב-44 במקומות שונים שהושפעו מהרעידה[2].
חינוך
ב-2005 וב-2006 נשלחו מפקיסטן 354 סטודנטים ללימודי רפואה וכירורגיה במלגות שהוצעו על ידי ממשלת קובה. זו הייתה הפעם הראשונה שסטודנטים מוסלמים הגיעו ללמוד בקובה, והם נהנו מחופש דת ותרבות מלא[3].
יחסים ספורטיביים
בייסבול הוא ענף הספורט הפופולרי ביותר בקובה. במאה ה-21 עלתה הפופולריות שלו גם בפקיסטן, וקובה הציעה לפקיסטן סיוע באימון בייסבול[4]. מן העבר השני, הוקי שדה הוא הספורט הלאומי של פקיסטן, וזו הציעה לקובה עזרה בקידום וסיוע באימון ההוקי במדינה[5].
