החל מהמחצית השנייה של המאה העשרים קיימים שיתופי פעולה בין שתי המדינות, יחסים קונסולריים בין שתי המדינות כוננו ב-1961, היחסים הועלו לדרג היחסים הדיפלומטיים בנובמבר1996. לפני שכוננו היחסים הדיפלומטיים בין שתי המדינות ביקר נארוהיטו, נסיך יפן בסן מרינו בשנת 1984. בשנת 1987 ביקר בסן מרינו ראש ממשלת יפן, טקאו פוקודה.
ב-11 במרץ2011, רעידת האדמה והצונאמי החלו להכות בחבל טוהוקו במזרח יפן. באותה שנה, על מנת להתאבל על קורבנות האסון הזה, הובאה גופה אחת לסן מרינו ונקברה בקבר השינטו הראשון באירופה. על יד הגופה הוקם מקדש שנקרא "מקדש סן מרינו".[1]
קיימת קבוצה פרלמנטרית למען ידידות יפן-סן מרינו, הקבוצה אחראית על הקמת המקדש והקבר.
ייצוג
שגרירות סן מרינו ביפן
סן מרינו מיוצגת ביפן בדרג השגרירות באמצעות שגרירות רשמית שהיא מחזיקה בטוקיו, בירת המדינה.[2] סן מרינו מיוצגת ביפן גם בדרג הקונסולרי באמצעות קונסוליה רשמית שהיא מחזיקה בעיר קובה.[3]
יפן אינה מיוצגת בסן מרינו בדרג השגרירות. יפן מיוצגת בסן מרינו בדרג הקונסולרי באמצעות קונסוליה שהיא מחזיקה בסן מרינו, בירת המדינה.[4]
