משנת 1992 עד שנת 1995 בוסניה והרצגובינה נחלה מלחמות רבות בינה לבין יוגוסלביה ככלל וסרביה בפרט. אוכלוסיית בוסניה והרצגובינה היא מעורבת, חלק מהעם הוא סרבי, חלק קרואטי וחלק בוסניאקי וכתוצאה מכך נוצרה מלחמת אזרחים בבוסניה והרצגובינה, הבוסנים והקרואטים קראו לבוסניה והרצגובינה להתנתק מיוגוסלביה, ואילו הסרבים טענו ההפך. במהלך המלחמה, היפנים הפצירו גם בבוסניה והרצגובינה, לפרוש מן יוגוסלביה וכתוצאה מכך שלחו סיוע צבאי לבוסניה והרצגובינה במהלך מלחמת בוסניה.
יפן הייתה מהמדינות הראשונות המכירות בעצמאותה של בוסניה והרצגובינה. ב-23 בינואר1995 יפן הכירה רשמית בבוסניה והרצגובינה כמדינה.[2]
יפן סייעה רבות לבוסניה והרצגובינה באיחוי השסע האתני בין העם בבסוניה והרצגובינה, על ידי מתן תמיכה פוליטית וכלכלית כולל שיתוף פעולה לגיבוש השלום וצירוף בוסניה והרצגובינה כחברת ליבה במועצה ליישום השלום.
אוכלוסייה משותפת
ביפן גרים 36 אזרחים מבוסניה והרצגובינה (יוני2017.) בבוסניה והרצגובינה מתגוררים 30 אזרחים יפניים (אוקטובר 2017).
סחר
הייצוא היפני מבוסניה והרצגובינה עמד על 360 מיליון ין (2017), ואילו הייבוא היפני מבוסניה והרצגובינה עומד על כ-140 מיליון ין (2017).
נציגויות דיפלומטית
יפן מיוצגת בבוסניה והרצגובינה על ידי שגרירותה שבסרייבו, בירת בוסניה והרצגובינה.[3]
