היחסים בין אסטוניה לליכטנשטיין כוננו ב-7 במרץ2016. אזרחים אסטונים יכולים לבקר בליכטנשטיין וזאת ללא צורך באשרה. גם אזרחי ליכטנשטיין יכולים לבקר באסטוניה ללא צורך באשרת כניסה עקב אמנת שנגן.
היחסים הכלכליים בין שתי המדינות מנוהלים על ידי איגוד הסחר החופשי האירופי בו חברה ליכטנשטיין. בשנת 2018 הסחר הכולל בין שתי המדינות עמד על קצת פחות משבע מאות אלף אירו בלבד. ליכטנשטיין היא שותפת הסחר ה-112 בגודלה של אסטוניה, בהתחשב בגודלה הקטן כמיקרו מדינה זהו מיקום משמעותי.