היחסים הדיפלומטיים בין אסטוניה לסן מרינו כוננו ב-9 ביולי2003. השגרירה הראשונה של סן מרינו באסטוניה, סילביה ברטי, העבירה את כתב האמנתה לנשיא טומאס הנדריק אילווס ב-21 בפברואר2008. השגריר של אסטוניה בסן מרינו הוא תושב רומא.
ייצוג
סן מרינו אינה מיוצגת באסטוניה כלל, הן בדרג הקונסולרי והן בדרג השגרירות.
אסטוניה אינה מיוצגת בסן מרינו בדרג השגרירות אלא באמצעות שגרירותה שברומא, בירת איטליה.[1]