מבחינה היסטורית יחסי אלבניה והונגריה היו חזקים בימי הביניים עקב קשרים שושלתיים (ממשל משותף של בית אנז'ו במאה ה-14 ולאחר מכן נישואיהם של אצילים אלבניים רבים אחרים להונגרים), קשרי דת ואינטרסים משותפים, במיוחד מניעת שליטה ונציאנית בחוף הים האדריאטי. להונגריה היה תפקיד משמעותי בהתפתחותה והתפשטותה של הקתוליות באלבניה במאות ה-13 עד ה-15.
שתי המדינות היו תחת שלטון עות'מאני, כאשר הונגרים ואלבנים לחמו כנגד העות'מאנים בנקודות רבות, כולל הברית בין יאנוש הוניאדי לסקנדרבג. במלחמת האימפריה העות'מאנית–הליגה הקדושה, מנהיגי אלבניה הקתולים פיג'ר בוגדני ותומא ראספאסני גייסו את הקתולים והמוסלמים האלבניים בקוסובו למען העניין האוסטרי.[3] לאחר המלחמה הטורקית הגדולה, הונגריה עברה לשליטת בית הבסבורג, ואילו אזורים מיושבים באלבנים נותרו חלק מהאימפריה העות'מאנית וחוו תקופה של התמוטטות כלכלית וחברתית, שבה מספר גדול של קתולים מקוסובו ברחו צפונה כדי להגיע לבודפשט, [4][5] והאסלאמיזציה הנרחבת עקב העלאות תלולות ביותר במס הסקרים מצד הרשויות העות'מאניות וכן מקרים של המרת דת בכפייה. [6][7][8] הקתוליות האלבנית שרדה בהרים בצפון מערב אלבניה בסיוע משמעותי של אנשי דת אוסטרו-הונגרים. בתי ספר קתוליים במימון אוסטרו-הונגרי היו בתי הספר היחידים שבהם האלבנים הצליחו ללמוד בשפת האם שלהם בתקופת השלטון העות'מאני, וכתוצאה מכך רבים מתלמידיהם תרמו להופעת הלאומיות האלבנית, וכך גם כמה אינטלקטואלים הונגרים כמו פרנץ נופצ'ה.
אוסטרו-הונגריה הייתה תומכת מפתח בעצמאות אלבנית והתנגדה לניסיונות של מדינות סלאביות לשלוט בארצות אלבניות. הסיוע הדיפלומטי האוסטרו-הונגרי היה קריטי לגירוש הצבאות הסרבים והמונטנגרים מדורש ושקודר בשנת 1912. לאחר עצמאות אלבניה התחתן זוגו הראשון, מלך אלבניה עם אישה הונגרית. בתחילת המאה ה-20 חלקו אלבניה והונגריה מצב בו מספר רב של אלבנים והונגרים התגוררו מחוץ לגבולותיהם החדשים, ושתי המדינות חוו את עלייתם של תנועות בלתי-רדנטיסטיות שמטרתן להקים את הונגריה הגדולה ואלבניה הגדולה, אך נתקלו בהתנגדותן של מדינות הסביבה. במהלך מלחמת העולם השנייה, שתי המדינות היו חלק ממדינות הציר, ואחרי המלחמה היו בשליטת המפלגות הקומוניסטיות ובעלות ברית למוסקבה. יחסי אלבניה–הונגריה נותקו לאחר הפיצול הסובייטי-אלבני, אך חודשו לאחר נפילת הקומוניזם.
^Pahumi, Nevila (2007). "The Consolidation of Albanian Nationalism". Page 18: "The pasha of Ipek forcibly removed Catholic inhabitants of northern Albania into the plains of southern Serbia after a failed Serb revolt in 1689 and the flight of many Serbs to the Habsburg Empire. The transferred villagers were forced to convert over to Islam."
^Marmullaku, ‘’Albania and the Albanians’’. London: C. Hurst & co., 1975. Page 16.
^Jelavich, Barbara. ‘’History of the Balkans.’’ Cambridge: Cambridge University Press, 1983. Pages 80–81.
