כיוון שההתרסקות התרחשה במים בינלאומיים, האחריות לחקירה חלה על הרשות המצרית תעופה אזרחית (ECAA). כיוון שלרשות חסרו אמצעים ומשאבים, היא פנתה למועצה הלאומית לבטיחות בתעבורה האמריקאית (NTSB) על מנת שתטפל בחקירה. שבועיים לאחר ההתרסקות, הציעה ה-NTSB להעביר את החקירה לידי ה-FBI, משום שהראיות הצביעו על פשע שבוצע ושההתרסקות הייתה מכוונת ולא כתוצאה מתאונה. הצעה זו לא התקבלה על ידי הרשויות במצרים, ולכן ה-NTSB המשיכה להוביל את החקירה. כשהראיות על התרסקות מכוונת החלו להצטבר, הפכה ממשלת מצרים את החלטה לגבי ה-ECAA, והיא החלה לחקור בעצמה את המקרה. שתי החקירות הגיעו למסקנות שונות מאוד: ב-NTSB קבעו שהסיבה להתרסקות היא פעולה מכוונת של טייס המשנה המחליף ג'אמל אל-באטוטי, ב-ECAA קבעו שהסיבה להתרסקות היא כשל מכני במערכת השליטה של הגה הגובה במטוס.
הדוח המצרי ציין מספר תרחישים אפשריים לכשל המכני כגורם אפשרי להתרסקות. בעוד דוח ה-NTSB לא קבע סיבה ספציפית לפעולה שבה נקט טייס המשנה, התאוריה המרכזית היא שהוא ביצע רצח והתאבדות. על מנת לתמוך בתאוריה זו, קבע דוח ה-NTSB ששום כשל מכני לא יכול לגרום לתנועות המטוס שהוקלטו בקופסה השחורה, ושגם אם הכשל המכני שהעלו המצרים אכן התרחש, המטוס עדיין היה יכול לצאת מסכנה משום שלבואינג 767 יש מערכת שליטה כפולה לגיבוי על הגה הגובה.
פרטי הטיסה
המטוס
המטוס מדגם בואינג 767-366ER, נמסר לחברת איג'יפטאייר ב-26 בספטמבר1989.
צוות תא הטייס
צוות תא הטייס כלל את הקברניט אחמד אל-חבשי בן 57, טייס המשנה אדל אנוואר בן 36, הקברניט המחליף רעוף נורלדין בן 52, טייס המשנה המחליף ג'אמל אל-באטוטי בן 59 והקברניט חאטים רושאדי, הטייס הראשי של חברת התעופה למטוסי בואינג 767. אל-חבשי היה טייס ותיק באיג'יפטאייר עם יותר מ-35 שנות ניסיון וביצע כ-14,400 שעות טיסה, כ-6,300 מהן במטוסי בואינג 767. טייס המשנה המחליף אל-באטוטי ביצע כ-12,500 שעות טיסה, מתוכן קרוב ל-5,200 במטוסי בואינג 767.
כיוון שמשך הטיסה הוא 10 שעות, נדרשים שני צוותי טיסה מלאים, כל אחד מהם כולל קברניט וטייס משנה. איג'יפטאייר הגדירה צוות אחד כ"צוות פעיל", ואת הצוות השני כ"צוות שיוט" (נקרא גם צוות חלופי). אומנם לא היה נוהל רשמי לחלוקת העבודה בין הצוותים, אך היה נהוג שהצוות הפעיל יבצע את ההמראות ובין השעה הראשונה ועד 5 השעות הראשונות של הטיסה. לאחר מכן הצוות החלופי לוקח שליטה על המטוס עד שעה לפני הנחיתה אז לוקחים את השליטה הצוות הפעיל. איג'יפטאייר הגדירה את הקברניט של הצוות הפעיל כמפקד הטיסה.
למרות שהצוות החלופי היה אמור לקחת שליטה בשלב מאוחר בהרבה בטיסה, טייס המשנה החלופי נכנס לתא הטייס כ-20 דקות לאחר ההמראה והציע להחליף את טייס המשנה. טייס המשנה בהתחלה סירב אך לאחר מכן נעתר לבקשה.
נוסעים
על סיפון המטוס היו 203 נוסעים מ-7 מדינות, כולל 33 קצינים מצריים שחזרו מתרגיל, בין היתר היו שני בריגדיר גנרל, קולונל, מייג'ור ו-4 קצינים נוספים מחיל האוויר המצרי. אחרי ההתרסקות עיתונים בקהירצונזרו על מנת שלא ידווחו על הקצינים שנהרגו בטיסה.
הרשויות בנמל התעופה הבינלאומי ג'ון פ. קנדי שיכנו את קרובי המשפחות של ההרוגים במלון הממוקם בשדה התעופה.
פיקוח טיסה
התקשורת בין טיסה 990 למרכז פיקוח טיסה בניו יורק הייתה שגרתית. לאחר ההמראה טופלה טיסה 990 על ידי שלושה פקחי טיסה שונים בזמן שעלתה לגובה השיוט שנקבע לה. המטוס צויד במשדר שדיווח באופן אוטומטי על הגובה למכ"ם של פיקוח הטיסה. בשעה 01:44 ציין המשדר כי הטיסה יציבה בגובה 33,000 רגל. 3 דקות לאחר מכן ביקש פקח הטיסה לשנות את תדר הרדיו על מנת לשפר את הקליטה. הטייס ביצע את הפעולה ואישר אותה. זה היה השידור האחרון שהתקבל מהטייסים.
התיעוד של המכ"ם הצביע על ירידה חדה בגובה:
01:49:53 - 32,900 רגל
01:50:05 - 31,500 רגל
פרופיל הטיסה
01:50:17 - 25,400 רגל
01:50:29 - 18,300 רגל (זה היה שידור הגובה האחרון שנקלט בפיקוח הטיסה)
המטוס צנח 14,600 רגל (כ-4,500 מטר) ב-36 שניות. ב-01:54 ניסה פקח הטיסה להודיע לטיסה 990 שאבד קשר המכ"ם איתם אך לא הייתה תשובה.
הקופסה השחורה
על פי מקליט הקול בתא הטייס, הקברניט קם ממקומו ופנה לשירותים, 30 שניות לאחר מכן טייס המשנה אמר בערבית מצרית: "אני מסתמך על אלוהים (אללה)". דקה לאחר מכן הטייס האוטומטי נותק ומיד לאחר מכן שוב אמר טייס המשנה: "אני מסתמך על אלוהים". 3 שניות לאחר מכן, שני המנועים עברו למצב סרק והגה הגובה כיוון את המטוס כך שפנה 30 מעלות כלפי מטה. טייס המשנה חזר על המשפט "אני מסתמך על אלוהים" עוד 7 פעמים, לפני שהקברניט התפרץ במפתיע ושאל "מה קורה? מה קורה?". על פי נתוני הקופסה השחורה, בשלב זה הגה הגובה עבר למצב מפוצל, כאשר הצד השמאלי היה כלפי מעלה והימני כלפי מטה. מצב זה מתרחש כאשר על שני מוטות השליטה מופעל לחץ מנוגד של 23 ק"ג לפחות. בשלב זה שני המנועים כובו, הקברניט שאל: "מה זה? מה זה? אתה כיבית את המנועים?" לאחר מכן הקברניט אמר: "עזוב את המנועים". טייס המשנה ענה "הם סגורים". המילים האחרונות שהוקלטו הן של הקברניט שאמר "משוך (למעלה) איתי", אך נתוני המקליט מצביעים על כך שהגה הגובה נותר במצב מפוצל עד להפסקת ההקלטה. לא היו כלי טיס אחרים באזור, לא היה סימן לפיצוץ על המטוס, המנועים פעלו בצורה תקינה במשך כל הטיסה עד שכובו.
שבועיים לאחר תחילת החקירה, ה-NTSB הציע להכריז על אירוע פשע בטיסה ולהעביר את החקירה לידי ה-FBI. מצרים התנגדה בתוקף, ועומר סולימאן, ראש המודיעין המצרי, טס לארצות הברית על מנת להשתתף בחקירה.
בפברואר 2000, קברניט חמדי חנפי טהא, שהיה טייס בואינג 767 באיג'יפטאייר, ביקש מקלט מדיני לאחר שנחת בלונדון. בהצהרתו לרשויות בריטניה, הוא טען שיש לו מידע לגבי הנסיבות שהביאו להתרסקות טיסה 990. דווח שהוא אמר שצריך "לעצור את כל השקרים בקשר לאסון", והטיל את מרבית האשמה על הנהלת איג'יפטאייר.
ה-NTSB וה-FBI הגיעו ללונדון על מנת לראיין אותו. על פי טהא, מספר שעות לפני הטיסה, הורד בדרגה טייס המשנה אל-באטוטי על ידי מנהל איג'יפטאייר שהיה על סיפון המטוס.
יועצו של חוסני מוברק, אוסאמה אל-באז אמר: "הטייס לא יכול לדעת שום דבר על המטוס, הסיכוי שיש לו מידע כלשהו הוא קלוש מאוד". גם בכירי איג'יפטאייר הכחישו את טענותיו של טהא. נעשה שימוש מועט במידע שמסר טהא לצורך החקירה ובקשתו למקלט מדיני נדחתה.
חקירת ה-NTSB והמסקנות
חקירת ה-NTSB התמקדה במהירות בפעולותיו של טייס המשנה אל-באטוטי והדבר עורר ביקורת קטנה יחסית מצד מצרים. ה-NTSB קבעה כי הדרך היחידה להשיג מצב מפוצל בהגה הגובה היה אם ההגה במושב שמאל (מושב הקברניט) מכוון את המטוס כלפי מעלה, וההגה במושב ימין (מושב טייס המשנה), מכוון את המטוס כלפי מטה. כל השערה לכשל מכני שהועלתה על ידי הרשויות המצריות, נבחנה על ידי ה-NTSB ולא נמצאו הוכחות תומכות. ה-NTSB הצביע על כך ששום כשל מכני שהם או שהרשויות המצריות העלו לא תאם לממצאים באתר ההתרסקות, ושגם אם היה קשר מכני בהגה הגובה, מטוסי בואינג 767 יכולים להתגבר על מצב זה.
הדוח הסופי של ה-NTSB הופץ אחרי שנתיים של חקירה, ב-22 במרץ2002, ואלה היו מסקנותיו:
המועצה הלאומית לבטיחות בתעבורה קובעת כי הסיבה הסבירה להתרסקות טיסה 990 של איג'יפטאייר היא יציאה של המטוס ממצב שיוט בגובה נורמלי ופגיעה במי האוקיינוס האטלנטי, כתוצאה מפעולות השליטה של טייס המשנה במטוס. הסיבה לפעולות טייס המשנה לא נקבעה.
חקירת ה-ECAA והמסקנות
לאחר העברה רשמית של החקירה לידי ה-NTSB, הרשויות המצריות לא היו מרוצות מהכיוון שהחקירה לוקחת והחליטו לפתוח בחקירה משלהם. דוח ה-ECAA קבע: "טייס המשנה החלופי לא התרסק במכוון לאוקיינוס", ושכשל מכני הוא "גורם סביר שככל הנראה גרם לתאונה".
