חופית הוקם בשנת 1953 עבור עובדי ציבור, שנתנו שירותים ליישובים החקלאיים של עמק חפר. המשפחות הראשונות עלו על הקרקע בשנת 1952 ובשנת 1955 הוכר היישוב רשמית כ"חופית". השם ניתן בגלל קרבת היישוב לחוף הים התיכון, וכן על שם הציפור חופית.
רוב הבתים ביישוב נמצאים על מגרשים בגודל של בין חצי דונם לדונם.
