שטוקר החל את הקריירה שלו במחלקת הנוער של קרינז. בינואר 2006 עבר בפ.צ. בזל ושיחק בקבוצה הצעירה של המועדון. ב-27 בפברואר2008 ערך את הופעת הבכורה שלו בקבוצה הראשונה בניצחון 0–1 נגד תון במסגרת הגביע השווייצרי. כעבור 4 ימים ערך את הופעת הבכורה שלו בליגה שוב נגד תון. ב-16 במרץ הוא הבקיע את שער הבכורה שלו בהפסד 2–4 נגד פ.צ. סיון. ב-12 באפריל 2008 חתם על חוזה מקצועי במדי הקבוצה, לאחר שסיים את עונת 2007/2008 עם 3 שערים ב-10 משחקים. בעונת 2009/2010 היה שותף לזכייה של בזל בדאבל עם 12 שערים ב-31 משחקים. בגמר הגביע עצמו הוא הבקיע צמד בניצחון 0–6 נגד לוזאן ספורט. ב-23 באפריל2011 נפצע ונעדר כ-7 חודשים מהמגרשים. ב-3 בדצמבר 2011 חזר למגרשים ובאותו יום אף האריך את חוזהו במועדון עד יוני 2016. בעונת 2012/2013 הוא היה שותף להישג השיא של המועדון במפעלים האירופים, חצי גמר הליגה האירופית בו נעצרה על ידי צ'לסי.
