המועדון הוקם ב-1859 תחת השם "מועדון הכדורגל פורסט", ושכן באזור וולת'אם פורסט שבלונדון. הוא היה אחד מהמועדונים המייסדים של התאחדות הכדורגל האנגלית ב-1863. שנה אחת לאחר מכן השתנה שם המועדון לוונדררס, בעקבות "השיטוט" ("wandering") לאורך לונדון אל אזור פארק באטרסי. רוב שחקני המועדון היו תלמידים לשעבר בבתי ספר ציבוריים, והקפטן שלו היה צ'ארלס אלקוק אף כיהן כיושב-ראש ההתאחדות בין 1870 ל-1895 והיה הוגה הרעיון של גביע ה-FA.
המועדון ניצח במשחק הגמר הראשון של גביע ה-FA, שנערך בקנינגטון אובל ב-16 במרץ1872. במשחק התמודדו שחקני המועדון מול שחקני רויאל אנג'ינירס, וגברו עליהם בתוצאה 1 - 0 משער של מורטון בטס. המועדון זכה בחמישה מתוך שבעת משחקי הגמר הראשונים של גביע ה-FA, שנערכו בין 1872 ל-1878, וגם בשנת 2016 המועדון נמצא במקום השנים עשר בטבלת הזוכים של הגביע. למרות שלמועדון לא היה מעולם אצטדיון בית קבוע (כפי שניתן ללמוד משמו), ידוע כי הוא שיחק בגשר לילי ובפארק באטרסי.
המועדון התפרק בשנת 1887, בתקופה שבה בתי ספר החלו להקים מועדונים משלהם (כגון אולד איטוניאנס).
בשנת 2009, מעל 120 מאז משחקו האחרון, המועדון הוקם מחדש במטרה לשחק במשחקי צדקה, ובשנת 2011 נרשם לליגה של דרום מזרח סארי, המשמשת כדרג ה-12 עד ה-17 במבנה הליגות האנגלי. וונדררס קודמה לדרג ה-16 בשנת 2013 לאחר שסיימה במקום השני בדרג ה-17. עונה מאוחר יותר, בעונת 2013/2014 הקבוצה קודמה לדרג ה-15 לאחר שזכתה באליפות. כיום הקבוצה משחקת הדרג ה-14. קבוצת המילואים של המועדון משחקת בדרגת ה-16 במבנה הליגות.
שחקנים ידועים
15 שחקנים השתתפו במשחקים בינלאומיים של נבחרת אנגליה בין 1872–1880 (בסוגריים: מספר ההופעות בנבחרת):