שייטת סובייטית באזור הצפון הוקמה מחדש בשנת 1933 תוך העברת ספינות מהים הבלטי. עד לשנת 1937 התווספו בה אוניות נוספות והיא שודרגה למתכונת צי. במהלך מלחמת החורף אוניות הצי הצליחו לבצע מצור על נמלי פינלנד באזור והגנו על החוף הסובייטי.
במהלך מלחמת העולם השנייה התפקיד העיקרי של הצי היה להגן על נמלי החוף ולעזור בהעברת אספקה במסגרת השאל-החכר. במהלך המלחמה לצי הועברו באופן זמני מספר אוניות מצי ארצות הברית והצי המלכותי הבריטי שהוחזרו לאחר סיום המלחמה. כמו כן הצי שודרג במספר אוניות שהתקבלו במסגרת השאל-החכר וחוזק על ידי אוניות צי האוקיינוס השקט. כתוצאה מכך, הצי הצפוני היה הצי היחידי של ברית המועצות שסדר הכוחות שלו לאחר המלחמה היה גדול יותר מסדר הכוחות בתחילתה.
במהלך המלחמה הקרה תהליך התעצמות הצי המשיך ואף הואץ. בשנות ה-50 הצי החל בקליטת צוללות גרעיניות, כולל הצוללת הראשונה מתוצרת ברית המועצות מסדרת נובמבר שנכנסה לשירות בשנת 1959. החל משנת 1963 צוללות של הצי החלו בהפלגה מתחת לקרח עד לבסיסים באוקיינוס השקט. בסך הכול בתקופה הסובייטית 25 צוללות ביצעו הפלגה מסוג זה. בשנת 1966 יחידת צוללות של הצי ביצעה שיט סביב העולם. בהמשך הצי קלט צוללות גרעיניות נוספות וכלל כמחצית מסך הכול צוללות גרעיניות סובייטיות.
כיום הצי מחזיק ברשותו את צי ספינות הקרב המתקדם ביותר של הפדרציה הרוסית. הצי מכיל כיום את חיל החופים של הצי (Береговые войска Северного флота), שהוא חלק ממשמר החופים של רוסיה.
הצי מבצע מבצעי לוחמה ואכיפה במסגרת המאבק בשוד הימי לחופי סומליה. בשנים האחרונות הצי מתמקד בביצוע תמרונים צבאיים משותפים עם מדינות שונות.
