את התזמורת ייסד במינכן בשנת 1893 פראנץ קאים, בנו של יצרן פסנתרים, וקרא לה תזמורת קאים. בשנת 1895 התיישבה התזמורת מושב של קבע בטונהאלה (אולם הקונצרטים) העירוני. תוך זמן קצר החלה למשוך אליה מנצחים ידועי שם: גוסטב מאהלר ניצח על הקבוצה בפעם הראשונה בשנת 1897 והיא ניגנה בניצוחו בביצועי בכורה את הסימפוניות הסימפוניה הרביעית והשמינית שלו. ברונו ולטר ניצח על התזמורת בנגינת השיר על הארץ של מהלר בביצוע בכורה, לאחר מות המלחין. פליקס ויינגרטנר היה מנהלה המוזיקלי משנת 1898 עד 1905 ווילהלם פורטוונגלר הצעיר הטביע את חותמו בניצוח הבכורה שלו על תזמורת מינכן בשנת 1906. תלמידו של ברוקנר, פרדיננד לווה, יצר מסורת של ביצועי ברוקנר, הנמשכת עד עצם היום הזה.
במשך כל שנותיה נוהלה התזמורת (שנודעה משנת 1910 בשם Munich Konzertverein Orchestra) במימון פרטי, אבל בשנות מלחמת העולם הראשונה הצטמצם תקציבה מאוד והנגנים גויסו לשירות צבאי, נסיבות שאילצו את התזמורת להיסגר. אחרי המלחמה לקחה עיריית מינכן את התזמורת תחת חסותה והפעילה אותה מחדש בהנהגתו של המלחיןהנס פפיצנר, אשר הוחלף עד מהרה על ידי חלוץ ברוקנר, זיגמונד פון האוזגר. בשנת 1928 ניתן לתזמורת שמה הנוכחי.
אחרי עליית המפלגה הנאצית בשנת 1933, הטביעה התזמורת על הפרטיטורות שלה צלבי קרס ואת המילים "תזמורת התנועה הפאשיסטית". (את צלבי הקרס אפשר עדיין לראות גם כיום). בשנת 1938 לקח לידיו אוסוואלד קאבאסטה, פרו-נאצי, את הגאי התזמורת והעלה את הסטנדרטים המוזיקליים שלה גם לאחר פרוץ מלחמת העולם השנייה.
בעת המלחמה נהרס אולם הקונצרטים והתזמורת, שנותרה חסרת בית, נסגרה שוב לתקופת מה. אחרי המלחמה חזרה לאיתנה בניהולם הסולידי של הנס רוזבאוד ורודולף קמפה. בשנת 1979 לקח את התזמורת לידיו המאסטרו סרג'יו צ'ליבידאקה והעלה אותה לרמה עולמית מן הגבוהות ביותר. המנצח הרומני, שנודע בתובענותו כלפי הנגנים, יצר צליל ייחודי לתזמורת אך סירב להקליט עמה. במשך התקופה הזאת הייתה התזמורת מושא לפרסומת מביכה ולתביעות משפטיות עקב יחסה המפלה כלפי נגנית טרומבון.
אחרי מות צ'ליבידאקה היו המנהלים המוזיקליים ג'יימס לוויין וכריסטיאן תילמן. מאז 1985 שוכנת התזמורת במרכז התרבות גאסטייג. במהלך תולדותיה הופיעה התזמורת הפילהרמונית של מינכן בביצועי בכורה של יצירות מאת גינתר ביאלאס, אנטון ברוקנר, האראלד גנצמר, לואיג'י נונו, גוסטב מאהלר ואחרים.
.svg){kind=logo}
