הקבוצה הוקמה רשמית במסמכיה ב-1938 ומקורה בקיבוץהמעפיל במועצה אזורית עמק חפר (שנת הקמתה היא שנת הקמת הקיבוץ המעפיל). בשנות ה-30 היה הכדורעף פופולרי בקרב הקיבוצים בישראל, שרבים ממנו שלטו ועד היום שולטים בענף הכדורעף המקומי. הקבוצה למעשה החלה להתחרות בליגות המקומיות ב-1951, והקבוצה המקצוענית הראשונה אומנה על ידי צבי סינטו, שהיה מאמן-שחקן בקבוצה.
המועדון השתתף בליגה הבכירה, ליגת העל בכדורעף החל מהקמתה ב-1956 והיא אחת הקבוצות הוותיקות והגדולות בענף הכדורעף המקצועני בישראל.
לאורך ההיסטוריה זכתה הקבוצה ב-14 אליפות המדינה וב-12 גביע המדינה ובסה"כ אספה 11 דאבלים בכדורעף הישראלי.
האליפות הראשונה של הפועל המעפיל הייתה בעונת 1962/1963 ולזכותה רשום רצף הזכויות הארוך ביותר בהיסטוריה שעומד על 9 אליפויות רצופות (1962-1971), שמתוכם 8 פעמים ראשונות ברציפות, הצליחה להשלים גם דאבל עם זכייה בגביע המדינה. בנוסף הקבוצה הייתה סגנית האלופה עוד ארבעה פעמים וסגנית מחזיקת הגביע 4 פעמים נוספות. בין שחקניה הבולטים בעבר היו: אליעזר כגן, דוד בר נצר, עמי שפרן, אהוד דקל, גיורא הלפרין,[1][2] אבישי קרפובסקי ודוד בלום.
הקבוצות "הפועל עין שמר" (4 אליפויות ו-3 גביעי מדינה) ו"הפועל העוגן" (אליפות אחת ו-3 גביעי מדינה) היו קבוצות מצליחות ארצית מהאזור שהתפרקו בשנות ה-80 והתאחדו עם קבוצת המעפיל ליצירת קבוצה מאוחדת לאזור, מכאן כינוי הקבוצה "המעפיל עין שמר".
הקבוצה המשיכה את הצלחתה בשנות ה-80, שם זכתה ב-5 אליפויות ו-3 גביעי מדינה. בעונת 1984/1985 לקחה המעפיל את האליפות האחרונה שלה, והמשיכה להתחרות על התואר עד תחילת שנות ה-90, לאחר מכן כמעט ונעלמה מהמפה התחרותית בתחילת המאה ה-21.
בעונת 2010/2011 הפועל המעפיל ירדה לליגה הלאומית, אך לאחר שהתאחדה עם קבוצת מכבי חדרה, הקבוצה המאוחדת נשארה בליגת העל. לאחר מכן הקבוצה הוחלט על ידי שתי מועצות אזוריות - עמק חפר ומנשה לתקצב קבוצה אחת שתייצג את האזור כולו במקום קבוצות אחרות, ובנוסף לייצוג של הפועל עין שמר והפועל העוגן שכבר התאחדו עם המעפיל בעבר. שמה המלא, מאז האיחוד האחרון, הוא: "הפועל המעפיל מנשה-חדרה עמק חפר".
בעונת 2018/2019 חזר לאמן את הקבוצה זהר בר נצר בן קיבוץ המעפיל ומרבית השחקנים היו שחקני בית. הקבוצה סיימה את העונה במקום הרביעי בחצי גמר הפלייאוף.
הפועל המעפיל - כדורעף נשים
כחמש שנים לאחר פתיחת ליגת גברים, נפתחה גם ליגת העל בכדורעף נשים הישראלית. בשנת 1965, חמש שנים לאחר פתיחת הליגה, זכתה הפועל המעפיל בתואר אלופת המדינה לשנת 1965/1966.[3] במשך השנים הבאות שלטה הקבוצה ביד רמה כאשר היא מחזיקה בתואר האלופה ואף בגביע המדינה בכדורעף נשים (דאבל) במשך חמש שנים רצופות. עד היום, זכתה קבוצת הנשים של הפועל המעפיל בשבע אליפויות ושבעה גביעי המדינה.[4]
