מקורו של המוזיאון באוסף עתיקות ממצרים העתיקה אותו רכשו המלכים מבית סבויה בפיימונטה במחצית השנייה של המאה ה-19.
המוזיאון הוקם בטורינו שהייתה אז בירת הממלכה. במהלך מלחמת העולם השנייה הועברו הפריטים היקרים באוסף למשמרת בעיר אז'ה (Agliè).
במהלך המאה ה-20 נוספו לאוסף פריטים רבים, ובכללם תרומת ממשלת מצרים בשנות ה-60. תרומה אשר ביטאה הכרת תודה של מצרים על הסיוע האיטלקי בשיקום עתיקות אבו סימבל.