לשם הקלת מצב המהגרים היהודים הצטרף למוסד "האיאס" וכיהן בו כגזבר עשרות שנים. בפרוץ מלחמת העולם הראשונה ארגן את ה"צנטראל רלייף קומיטי" ובביתו הונח היסוד למוסד של "הג'וינט".
השתתף בתרומות גדולות לשם הקמת והחזקת בית החולים הגדול "בית ישראל" בניו-יורק, כמו כן היה ממניחי היסוד של הישיבה הגדולה "ישיבת רבי יצחק אלחנן" בניו-יורק, והראה פעילות רבה במשך כל שנות קיומה עד שהקנה לה מעמד אוניברסיטאי.
עיקר עיסוקו היה בהפצת תורה בישראל והקמת שכבה של תלמידי חכמים גדולים, ולשם כך העמיד את כל רכושו.
ייסד עם הרב אברהם יצחק קוק את ה"מכון לדרישת התלמוד", במטרה להגשים את חזונו של הרב קוק שרצה לגדל תלמידי חכמים בארץ ישראל המצטיינים בהיקף ובעומק. שפותחים שער להנהגה תורנית. ב"מכון" זה צמחו הבונים את המפעלים התורניים, כגון: האנציקלופדיה התלמודית, הש"ס הארצ-ישראלי, הוצאת ספרי קדמונים ועוד. כמו גם סופרים תורניים. עם הקמת המחלקה לעיון בשאלות התחוקה התורנית למדינה היהודית - הוא רצה להשלים את מפעלו: הכשרת אנשי-דת וחוק תורניים למדינה.
עלה לארץ לישיבת קבע בשנת תש"ז (1947) ובנה את ביתו בתוך המכון שלו בירושלים[1].
נפטר בי"ט בטבת תש"ח, והובא לקבורה בהר הזיתים. הדרך להר הזיתים הייתה מסוכנת עקב התנכלות ערביי ארץ ישראל שביצעו מעשי טרור במטרה להתנקש בחיי היהודים משתתפי הלוויות, ומשטרת המנדט הבריטי נמנעה מלאבטח את ההלוויות היהודיות בהר הזיתים. מכיוון שפישל היה נתין אמריקאי, הודיעה הקונסוליה האמריקאית שהלווייתו של פישל לא תתעכב והם ידאגו לאבטחתה. בעקבות זאת ניאותה המשטרה הבריטית לאבטח את הלווייתו של פישל. בחסות ההלוויה הובאו לקבורה עשרות נפטרים נוספים שקבורתם עוכבה, ובהם שמואל קירשנבוים, אבי "אתרוגי קירשנבוים", ואיש החברה קדישא מנחם מניס הויזמן, שנרצח מירי הערבים בניסיון הקודם לקבור את קירשנבוים. בחזרה מההלוויה ירו הערבים אש עזה על השיירה, והמשטרה הבריטית השיבה אש[2].
סביב קברו נבנה מבנה, ששימש מקום קבורה של בני משפחתו.
לאחר מותו נקרא על שמו רחוב בשכונת נווה צבי בירושלים.
בשנותיו האחרונות יצר את הקרן בשם "הארי פישל פאונדיישן" אשר בניו-יורק, שהעביר לה את כל רכושו הנאמד בכמה מיליוני דולרים, הקרן משמשת מקור להחזקת מוסדות חינוך, צדקה וחסד בארצות הברית, ולהקמתו, ביסוסו והחזקתו של "מכון הרי פישל" המהווה גולת כותרת בפעולותיו להרמת קרן התורה.
המכון פתח את דלתותיו בשנת תרצ"ב (1932) בנשיאותו של הרב אברהם יצחק הכהן קוק ונתן את האפשרות לתלמידי חכמים להשתלם במחקר התלמוד, לחבר ולהוציא לאור את פרי מחקרם.
כיום המכון מורכב מבית מדרש לרבנים ולדיינים, תוכנית הכשרה למוסמכי כשרות מטעם הרבנות הראשית לישראל, תוכנית השתלמות לרבני קהילות מצרפת, הוצאה לאור העוסקת בספרי יסוד בהגות ובהלכה, ו"מכון הארי פישל לדרישת התלמוד ומשפט התורה" המוציא לאור כתבי ראשונים על פי כתבי יד עם הגהות, ציוני מקורות, ביאורים והערות[3]. בנוסף מקיים המכון ימי עיון לרבנים.
משפחתו
נשא לאשה את חיה שיינה בת ר' שמעון ברא"ז לבית הגאון ר' אלכסנדר זיסקינד, בעל "יסוד ושורש העבודה"[4] ובזיווג שני נשא לאשה בשנת תרצ"ו את מרים היימן.
