בונרה עבר לפארמה בעונת 2002/2003, בה שיחק במשך ארבע שנים והביא אותה להישגים אחדים. בתאריך 28 ביולי2006 עבר בונרה למילאן. בהופעה הראשונה שלו בליגת האלופות נגד אנדרלכט קיבל כרטיס אדום בדקה ה-47 מכיוון שבעט באחד משחקני היריבה. בסיום עונת 2014/2015 שוחרר ממילאן לאחר תשע עונות במועדון. ב-2019, לאחר ארבע עונות בויאריאל, הודיע על פרישה וחזר למילאן כחלק מצוות האימון.