באייר שיחק לראשונה בנוער של מינכן 1860. בקביעות שיחק בעמדת הקשר ההתקפי אך במשך השנים הוסט מעט אחורה. את משחקו הראשון בליגה ערך נגד פ.צ. קלן ב-13 בספטמבר 2003. במינכן היה ארבע שנים ורשם למעלה ממאה הופעות, בשנת 2007 עבר לוולפסבורג שבה לא קיבל דקות משחק רבות ולא היה חלק משמעותי בהרכב של הקבוצה ולכן לאחר שלוש שנים בקבוצה, בשנת 2010, חתם באאוגסבורג.
באייר הודיע על פרישתו מכדורגל ב-9 בספטמבר 2020.[1]
חיים אישיים
יורגן, אביו, גם היה שחקן כדורגל ששיחק במדי דרמשטאדט 98 ובנימין, אחיו, גם הוא שיחק בשורותיה.
.jpg)
