בשנת 1993 חזר לתפקיד מודיעיני, כמפקד מרחב צפון ביחידה 504 של אגף המודיעין[4]. בשנת 1996 שב לפרקליטות הצבאית ומונה לתפקיד סגן התובע הצבאי הראשי. החל משנת 2000 שימש כפרקליט צפון, ובשנת 2003 הועלה לדרגת אלוף-משנה ומונה לתפקיד הסנגור הצבאי הראשי.
בשנת 2004 מונה לסגן הפרקליט הצבאי הראשי. בתפקידו זה, בין היתר, פעל למימוש רפורמה מבנית בפרקליטות הצבאית[5] וקידום שינויים משמעותיים בדין המשמעתי בצה"ל[6]. בשנת 2009 פרש מצה"ל. בהמשך כיהן כסמנכ"ל בחברת תשתיות אמריקאית[7].
בתפקיד פצ"ר
ב-15 בספטמבר2011 מונה לפצ"ר במקום האלוף אביחי מנדלבליט והועלה לדרגת תת-אלוף[8]. בספטמבר 2012 הועלה לדרגת אלוף ובטקס בו הוענקה לו דרגת אלוף הבהיר לרמטכ"ל ולחברי המטכ"ל כי: "מחויבותכם לשלטון החוק, הקפדתכם על שילוב הפצ"ר ואנשיו בצמתי החלטה ובגיבוש תוכניות פעולה, וגישתכם העניינית להערותינו גם כשהן כוללות סייגים ואיסורים, הן נורמות התנהגות ראויות המקלות על המשפטן הצבאי במילוי תפקידו החשוב, ומהוות דוגמה אישית לפקודיכם"[9].
בתפקידו כפצ"ר הורה לאחר מבצע עמוד ענן לפתוח בחקירה יזומה לבירור נסיבות מותם של כ-70 בלתי מעורבים במהלך המבצע[10]. ביחס לקרב שג'אעייה (2014) קבע עפרוני כי הירי בוצע בהתאם להוראות הדין הישראלי והבין־לאומי, שכן "כוון לעבר מרגמות ומפעיליהן, במטרה לנטרל אותם מהמשך ביצוע ירי מתמשך ואינטנסיבי לעבר כוחות צה"ל, אשר שם אותם תחת סכנת חיים ממשית ומיידית"[11]. הוא קבע כי ניתן לתקוף ביתו של מפקד בחמאס כאשר הוא מנהל משם את מערך הלחימה של הגדוד, ובכך הופך הבית למטרה צבאית. עוד קבע כי הרס רבי-הקומות בסוף המבצע נבע מכך שהוכח כי בבניינים אלה פעלו חדרי מבצעים של חמאס[12]. לאחר חקירה הורה לסגור ללא כתבי אישום את תיק החקירה בפרשת הרג נהג המונית זכריא דראגמה[13][דרוש מקור], וכן במקרה של הסטודנטית לובנא חנש שנהרגה מכדורים שנורו לעבר משליכי בקבוקי תבערה[14].
בשנת 2018 זכה באות "אביר איכות השלטון" בקטגוריית "צבא וביטחון" מטעם התנועה לאיכות השלטון. בנימוקי הבחירה נאמר כי האות ניתן לו: ”על דבקות בערכי הדמוקרטיה גם בצה"ל; על מסירות אין-קץ לביטחון מדינת ישראל; על עמידה איתנה כנגד לחצים מצד גורמים פוליטיים וצבאיים בכירים; על נחישות בהגנה על שלטון החוק בצה"ל; על קידום שינויים במערכת המשפטית הצבאית במקצועיות ובאחריות”.[16]
