בפעילותו הפוליטית התמודד עטר במהלך השנים על תפקידי יו"ר ומזכ"ל מפלגת העבודה וכן בבחירות המקדימות לקביעת רשימות מועמדי המפלגה לכנסת. בפעילותו הציבורית הוא נמנה בין התומכים בהקמת גדר ההפרדה והיה שותף להקמת חלקה הצפוני, ביוזמה פרטית[3].
כראש מועצה מעורבת גיבש עטר מודל מעשי לחיי דו קיום בין יהודים לערבים[4], ובין היתר השווה תקציבים והשקיע רבות בכפרי הערבים בגלבוע בתשתיות ובחינוך[5]. הוא פעל להקמת ההיפודרום הראשון באזור לקיום מרוצי סוסים, וקידם הקמת מתחם תיירות הכולל מסעדות ואתר סקי מלאכותי. פעולות נוספות בתקופת כהונתו כללו שינוי סטטוס העדיפות הלאומית, אשר הביא להקמת מפעלי תעשייה רבים לאזור, והכרה באזור התעשייה "פארק מבואות הגלבוע" כפיילוט בתחום פארקי התעשייה בחסות משרד התעשייה והמסחר[6]. כמו כן קיימה המועצה תחתיו תכנון משותף עם הרשות הפלסטינית להקמת אזור תעשייה משותף לגלבוע ולנפת ג'נין שמעבר לגבול[7].
במהלך כהונתו הוכפלה האוכלוסייה בגלבוע מ-16,000 ל-32,000 באמצעות הרחבה מסיבית ביישובים. עטר יזם והקים את היישוב האקולוגי המתכונן הראשון בארץ - נורית.
באוגוסט 2008 הפסיד בבית המשפט המחוזי בנצרת בתביעת דיבה על סך 50 אלף ש"ח מול רו"ח יעל אשל[8] אשר חשפה שחיתויות במועצה האזורית שתחתיו. המבקרת פוטרה מעבודתה ומבקר המדינה השופט אליעזר גולדברג הורה להשיב אותה לתפקידה[9]. בדצמבר בשנה העוקבת נעצר עטר בחשד לביצוע עבירות מרמה והפרת אמונים וקבלת דבר במרמה[10]. המשטרה העבירה לפרקליטות המלצה להעמיד לדין את עטר, אך פרקליטות מחוז צפון סגרה את התיק.
בבחירות המקדימות להרכבת רשימת מפלגת העבודה בבחירות לכנסת התשע עשרה (2013) נבחר במקום ה-16[11], ונותר מחוץ לכנסת כשהרשימה קיבלה 15 מנדטים. עם פרישתו של ח"כ בנימין בן אליעזר בדצמבר2014, כשלושה חודשים טרם מועד הבחירות לכנסת העשרים (שהוקדמו), הודיע עטר כי הוא מוותר על מקומו, משום שאין ברצונו "לקבל משכורת למשך 3.5 חודשים בלי לעשות דבר"[12]. למשכן נכנס הבא אחריו ברשימה, ראלב מג'אדלה.
דני עטר היה חבר בוועד המייעץ של ארגון קול אחד - One Voice[13].
יצחק הרצוג, יושב ראש מפלגת העבודה וחבר כנסת מטעמה, יחד עם דני עטר, יושב ראש קרן קיימת לישראל, ואיילת נחמיאס-ורבין, חברת הכנסת העשרים מטעם הסיעה, במפגש בסניף המקומי בפרדס חנה
עטר הוא תושב גן נר. בשנת 2016 התגלו חריגות בנייה בביתו. על שטח ציבורי נבנתה בריכת שחייה בחצר משפחתו של עטר. עטר ניסה להכשיר את חריגות הבנייה, וקיבל את הסכמת הוועדה המקומית לתכנון ובנייה. ערעור שהגישה רשות מקרקעי ישראל התקבל והכשרת חריגות הבנייה נדחו[16]. בספטמבר 2019 הודיעה פרקליטות המדינה על כוונתה להעמיד לדין את עטר, בכפוף לשימוע, בגין עבירות בנייה[17], אך לאחר השימוע הסתפקה בהליך מנהלי שבמסגרתו יבטל עטר את חריגות הבנייה[18].
