המבנה בנוי במפלסים אחדים, ממדיו 47 מטר על 45 מטר וקירו החיצוני בנוי אבני גזית. בפתח משקוף גדול שעליו נחקק צלב. ברצפת המבנה אותרו אבני פסיפס צבעוניים. מתחת למבנה מרתפים, וערביי האזור טוענים שאפשר להגיע דרכם לרגלי ההר דרך מנהרה. במקום נמצאו חקוקים באבן צלבי שמונת הקצוות, שהם "צלבי מלטה" של ההוספיטלרים אך לא ברור האם אכן ישבו במקום והאם מקור הצלבים בהם.
לאור שרידי הטרסות, בריכות מים המטויחות ושרידי בית בד וגת מניחים כי הייתה במקום חווה חקלאית. הימצאות מערותקבורה מעיד על קיום יישוב במקום.
היסטוריה
יואל אליצור וחיים בן דוד מעלים את ההשערה כי אתר דיר קלעה ואתר קרוב לו, חורבת דיר סמען, ואולי עוד שלושה אתרים, ששמם מופיע בכתובות אך לא נמצא עדות למקורם בשטח, שימשו כעין קו גבול בין האזור השומרוני מצפון לבין האזור הנוצרי בדרום. סך הכל נמצאו 12 אתרים הנושאים את הקידומת "דיר" במורדות הדרומיים–המערביים של השומרון.
הארכאולוג יזהר הירשפלד העלה את ההשערה כי המנזרים הוקמו במאה ה-6, לאחר חורבן האזור על ידי האימפריה הביזנטית בעקבות מרידות השומרונים. הם הוקמו בתור תגובה על הרס הכנסיות באזור הצפוני של השומרון. ועל כך מעידה העובדה כי בכל אזור השומרון נמצאו 28 אתרים הנושאים את הקידומת "דיר" אך רק בדרום השומרון נשמרו השרידים הנוצריים.
