התוכנית נסובה סביב חייה של מיכל ינאי, ושל שני חבריה – שפיץ העכבר הערמומי והרגזן, וציפה הציפור התמימה והמצחיקה. בכל פרק, לשתי הבובות הייתה בעיה שונה ומיכל עזרה להן לפתור אותה באמצעות שירים, סיפורים ושיטות מקוריות יותר. בין השירים זכוּר "זומבו שוקו", ששרו מיכל, שפיץ וציפה. העונה הראשונה של התכנית הייתה תוכנית אירוח ופעלה כרצועת שידורים בשעות לפני הצהריים והערב. בעונה השנייה היו קטעים של התכנית ששודרו לפני התכנית ואחריה שבהם מיכל דיברה אל הצופים ליד שולחן בצורה של פרח ואף סיפרה להם סיפורים, ובין היתר גם גילמה שם דמות של ילדה קטנה.
כל שירי התכנית בעונתה השנייה קובצו לספיישל בשם "מיכל בארץ הפלאות".
ציפה הציפור (הופעלה על ידי איקי גלעד) – נפלה בגינת ההפתעות כאשר שברה עצם בכנף, הבריאה, אך החליטה להישאר בגינה. שפיץ קינא בקשר הטוב שלה עם מיכל, אך בסופו של דבר התיידד איתה. יחד עם מיכל ושפיץ השתתפה ציפה בשיר שהגיע למקום הראשון.[דרושה הבהרה]. באחד הפרקים מתגלה שהיא ציפור למחצה מכיוון שאביה ברווז.
העץ – העץ היה דמות מרכזית בעונה הראשונה, וציפה גרה מעליו. לאחר מספר פרקים, נעלמה דמותו באופן מסתורי ללא הסבר בעלילה. בעונה האחרונה של גינת ההפתעות הוחלף העץ בעץ שבו יש חור שמשמש כבית מגוריה של ציפה.
דמויות משניות
רוזינה: דמות שגילם ניר רון בעונה הראשונה של גינת ההפתעות. היה שכן תמוה שהתגורר ליד הגינה.
יוסקה הפיראט: פיראט אותו שיחק צחי נוי, אשר ביקר בגינה בכמה פרקים בחלק השני של העונה השנייה כדי לשכנע את מיכל ינאי שתיתן לו שערה שלה, על-מנת שיוכל להוריד דמעה שנתקעה לו על הלחי, ואהב מאוד כסף. שר מפעם לפעם את "שיר הכסף".
שמנדריק: קבלן שאותו גילם דוד דנינו בחלק הראשון של העונה השנייה, ניסה במספר פרקים לסלק את כל יושבי הגינה על מנת להקים תחתיה חניון.
מונה שועלי: נוכלת שגולמה על ידי מיכל ינאי. הופיעה בעונה האחרונה של "גינת ההפתעות".
