אקלס נולד בדאלאס, טקסס וגדל והתחנך בעיר השכנה ריצ'רדסון; בנם של דונה ג'ואן (לבית שפר) ושל אלן רוג'ר אקלס, אף הוא שחקן. יש לו אח המבוגר ממנו ב-3 שנים, ג'ושוע, ואחות הקטנה ממנו בשבע שנים, מקנזי.
קריירה
בגיל ארבע החל אקלס כבר לדגמן, ובשנת 1996, לאחר סיום לימוודי התיכון, עבר ללוס אנג'לס והחליט לפתח קריירת משחק, ולאחר מספר תפקידי אורח בסדרות שונות בין היתר בסדרה "תיכון סוויט ואלי", קיבל לראשונה, בשנת 1997, תפקיד ראשי באופרת הסבון הפופולרית "ימי חיינו", שבה גילם את דמותו של אריק בריידי (אנ'). בשנת 2000 עזב אקלס את הסדרה.
בשנת 2001 הוא גילם את שחקן הקולנוע אדוארד ג. רובינסון ג'וניור (אנ') בסרט הטלוויזיה של רשת CBS "בלונדי" על חייה של מרילין מונרו. ולאחר מכן השתתף בתפקיד אורח בעונה הראשונה של הסדרה "מלאך שחור". דמותו מתה בתום הפרק אך אקלס חזר לסדרה בעונתה השנייה כאלק, אחיו התאום של הדמות אותה גילם בעונה הראשונה. הוא נשאר בסדרה עד ביטולה ב-2002.
בשנת 2004 קיבל תפקיד קבוע בעונה הרביעית של הסדרה "סמולוויל", שם שיחק את דמותו של ג'ייסון טיג, בן זוגה של לאנה לאנג.
בשנת 2005, אקלס שיחק בתפקיד הראשי בסרט "טרף" לצד אביו. באותה שנה נבחר לגלם את אחת משתי הדמויות המרכזיות בסדרת הדרמה העל-טבעית של The CW, "על טבעי", לצידו של ג'ארד פדלקי. אקלס גילם את דין וינצ'סטר (אנ'), עד לביטולה של הסדרה בתום 15 עונות ב-2020.
לאחר שלוש שנות זוגיות, אקלס התארס לשחקנית והדוגמנית דניל האריס (אנ') בנובמבר 2009. בני הזוג התחתנו ב-15 במאי2010 בדאלאס. בתם הראשונה של הזוג נולדה ב-30 במאי2013. באוגוסט 2016 הודיעו בני הזוג כי הם מצפים לתאומים, ילד וילדה, אשר נולדו ב-2 בדצמבר2016.
אקלס הוא בעלים-שותף של מבשלת בירה בדריפינג ספרינגס, טקסס הנקרא "Family Business Beer Company", אותו מנהל יחד עם אשתו והוריה של אשתו. שמה של המבשלה הוא התייחסות לסדרה "על טבעי" ("עסק משפחתי" שהוא מהווה תווית לסדרה).