לאחר שובו, מ-1877 ואילך, פרסם קלארק כמה מאמרים שרובם נערכו מאוחר יותר בספרו "הפילוסופיה של העושר" (The Philosophy of Wealth; (1886). שם הוא ניסח גרסה מקורית של התועלת השולית, עיקרון שכבר פורסם קודם על ידי ויליאם סטנלי ג'בונס (1871), קרל מנגר (1871) ולאון ולראס (אנ') (1878).
עד 1886 קלארק היה סוציאליסט נוצרי המשקף את דעתם של מוריו הגרמניים כי תחרות אינה תרופה אוניברסלית - במיוחד לא לקביעת שכר. קלארק כתב:
זו טעות מסוכנת להלל את התחרות, ככזו, יותר מדי, ולהתייחס לכל ההתקפות עליה כמהפכניות. ... איננו אוכלים אנשים ... אך אנו עושים זאת בשיטות כה עקיפות ומעודנות, עד שבדרך כלל לא עולה בדעתנו שאנו קניבלים.
— John Bates Clark, "How to Deal with Communism"[3]
הוא קיווה שניתן להילחם בקומוניזם על ידי דיכוי ורפורמה: ”בין חסידי הקומוניזם ישנו יסוד גדול שהוא פשוט רצחני, וזה ראוי רק לגורלו של הרוצח. ... יתכן שחלק גדול לאין שיעור מהקומוניסטים המוצהרים במדינה זו עלולים להיות חסרי ערך או בעלי אופי פלילי”.
לדברי קלארק רק אם "...ההתאגדות של ההון מחייבת את ההתאגדות של העבודה" שכר הוגן יגיע ועשוי להיות להיקבע בבוררות.[4]
תפיסה זו על שכר הוגן השתנתה ב-1886: "קלארק עצמו, ייזכר שכמי ששר את חורבן התחרות ב"הפילוסופיה של העושר". אבל עכשיו... הוא הפך את עמדתו ובנה גוף של חוקים כלכליים המבוססים על תחרות"[5] כתב פול הומן (Paul Thomas Homan) (1928). ג'ון אוורט (John Rutherford Everett) (1946) מגלה: "אך זמן קצר לאחר כתיבת הפילוסופיה של העושר, קלארק התחיל להגן על המערכת התחרותית. מה גרם לשינוי אינו ידוע. עד כדי כך אנחנו יכולים לומר. עד שכתב את "חלוקת העושר" הוא היה משוכנע שהתחרות הטהורה היא החוק הטבעי והנורמלי שבאמצעותו הושג צדק בסדר הכלכלי". סיבה אחת שהניעה כיוון מחדש זה יכולה להיות מהומות היימרקט (1886) בשיקגו כשכמה שובתים נורו ואחרים נתלו. בארצות הברית גרמו אירועים אלו זה הביא לטיהור ההשכלה הגבוהה מרפורמטורים סוציאליסטים ולחורבן ארגון אבירי העבודה.
בשנת 1888 כתב קלארק את "הון ורווחיו" (Capital and Its Earnings). פרנק פטר (אנ') כתב מאוחר יותר על המוטיבציה של בייטס לכתיבת עבודה זו:
המקור הסביר שממנו הגיע גירוי מיידי לקלארק היה דיון המס היחיד (אנ') העכשווי. ... באותה תקופה בדיוק האירועים התרחשו זה אחר זה במהירות בתעמולת המס היחיד. הספר קידמה ועוני [של הנרי ג'ורג'] ... נמכר יותר מכל ספר אחר שנכתב אי פעם על ידי אמריקאי. ... שום נושא כלכלי אחר באותה תקופה לא היה דומה בחשיבותו בעיני הציבור לתורת הקידמה והעוני. "הון ורווחיו"... לובש את המראה של התאוריה הטהורה... אבל... כמעט ולא ניתן לראות כמעט בכל עמוד את השתקפויות הדיון העכשווי על מס יחיד. בהקדמה הקצרה מובעת התקווה ש'ניתן למצוא שעקרונות אלה מיישבים שאלות של סוציאליזם אגרארי (אנ'). שוב ושוב פונה הדיון ל'הון המקנה לעצמו אדמה'...
— Fetter, Frank A. (1927). "Clark's Reformulation of the Capital Concept."[6]
הבסיס לעבודתו הנוספת של קלארק היה תחרות: "אם שום דבר לא מדכא תחרות, ההתקדמות תימשך לנצח".[7] קלארק: "המדע שאומץ... הוא דרוויניזם כלכלי... אף על פי שהתהליך היה פראי, ההשקפה שהוא העניק לא הייתה רעה לחלוטין. הישרדות הכוח הגולמי הייתה, בטווח הארוך, רצויה".[8] זה היה הבסיס לפיתוח התאוריה שהפכה אותו למפורסם: בהתחשב בתחרות ובגורמי ייצור הומוגניים של עבודה והון, החלוקה מחדש של התוצר החברתי תהיה בהתאם לפריון התשומה הפיזית האחרונה של יחידות עבודה והון. משפט זה הוא אבן יסוד במיקרו-כלכלה הנאו-קלאסית. קלארק הצהיר על כך ב-1891[9] והרחיב יותר ב-1899 בספרו "חלוקת העושר" (The Distribution of Wealth).[10] אותו משפט נוסח מאוחר יותר באופן עצמאי על ידי ג'ון אטקינסון הובסון (אנ') (1891) ופיליפ ויקסטיד (1894). המסר הפוליטי של משפט זה הוא: "מה שמעמד חברתי מקבל הוא, לפי החוק הטבעי, מה שהוא תורם לתפוקה הכללית של התעשייה".
מסקנתו של קלארק נשענת על התרומה היצרנית של יחידת העבודה הפיזית האחרונה - שעת עבודה בלתי מגובלת - והיחידה האחרונה של ההון הפיזי. מבחינתו למוצרי הון הטרוגניים יש צורה שנייה, צורה חברתית כהון הומוגני (הקרויה ג'לי – jelly) והפרודוקטיביות של יחידת הג'לי האחרונה קובעת את הרווח. זה חוזר על דעתו של קרל מרקס שלסחורות יש צורה טבעית הטרוגנית (Naturalform) וגם מנוגדת לה צורת ערך הומוגנית (Wertform), ג'לי. קלארק אולי הכיר את המבנה המרקסיסטי הזה מתקופתו הגרמנית וננזף על דמיון זה.[11]
ההון של קלארק אינו "אמצעי ייצור מיוצרים" שלכל אחד מהם מבנה ייצור שונה. זהו כלי מופשט, קיים תמיד ולעולם אינו מתכלה, "כלי אחד גדול בידה של האנושות העובדת" בדומה לשדה או למפל, שנחשבים גם הם להון על ידי קלארק.
ספר הלימוד הקלאסי "כלכלה" (Economics) של פול סמואלסון מ-1947, הפיץ את תפיסת ההון של קלארק בכל העולם.
קלארק גם עסק בבעיות של מונופולים וקרטלים ספציפית בשוק האמריקאי בספריו: "שליטה בקרטלים" (Control of Trusts; 1901) ו"בעיית המונופולים" (The Problem of Monopoly; ;1904).[12]
Messori, L. and Orsini, R., "A Biographical Note on John Bates Clark," History of Economic Thought and Policy, 2/2016, pp. 132–140.
Messori, L. and Orsini, R., "John Bates Clark: the first American marginalist as a social economist", History of Economic Thought and Policy, 2/2018, pp. 33–53.