הובנר גדל בויסבאדן, ושיחק במועדון המקומי והן ויסבאדן מגיל ילדות. במאי 2008 ערך הובנר את הופעת הבכורה שלו בקבוצה הבוגרת, כאשר היה בן 18. בעונה הבאה, 2008/09, הובנר כבר הפך לשחקן הרכב בקבוצה, ששיחקה בליגת ההבונדסליגה השנייה ונשרה לליגה השלישית בתום העונה. בעונת 2010/11 היו והן ויסבאדן והובנר קרובים להעפלה בחזרה לבונדסליגה השנייה, אך סיימו רק במקום הרביעי. בתום עונת 2011/12 עזב הובנר לראשונה את והן ויסבאדן לאחר 19 שנים במועדון, וחתם בו.פ.ר. אאלן מהבונדסליגה השנייה. הובנר שיחק במועדון שתי עונות, בהן סיימה הקבוצה במרכז הטבלה. בקיץ 2014 חתם הובנר באינגולשטאדט 04 ששיחקה אז בבונדסליגה השנייה. בעונת 2014/15 סייע הובנר לעליית אינגולשטאט לבונדסליגה מהמקום הראשון, כשהוא משתף פעולה עם אלמוג כהן, אלפרדו מוראלס ודנילו סוארס. בעונת 2015/16 המשיך הובנר להציג יכולת טובה, וסייע לאינגולשטאט לסיים במקום ה-11 בבונדסליגה עם 42 ספיגות, ההגנה הרביעית בטיבה בליגה.
בקיץ 2016 עזב הובנר את אינגולשטאט, וחתם בהופנהיים מהבונדסליגה. הובנר השתלב במהרה בקבוצה, ומשתף פעולה בהגנה עם סבסטיאן רודי, ניקלאס זולה, פאבל קדראבק וארמין ביצ'אקצ'יץ'. בעונת 2017/18 סיים הובנר עם הופנהיים במקום השלישי בליגה והבטיח את מקומה של הקבוצה בליגת האלופות. בהמשך, הרבה הובנר לסבול מפציעות, ובאוקטובר 2022 הכריז על פרישה מכדורגל.
חיים אישיים
שני אחיו של בנימין הובנר, כריסטופר ופלוריאן, אף הם כדורגלנים מקצועיים. אביו, ברונו, מועסק באיינטרכט פרנקפורט כמנהל ספורטיבי.
