בית הכנסת חרב ושוקם מספר פעמים ברעש של 1837 ובשיטפון של 1934. בעקבות מאורעות תרצ"ו-תרצ"ט (המרד הערבי הגדול) התעכבה מלאכת השיקום של בית הכנסת. בסיון תש"ה (1945) התכנסו ראשי הקהילה הספרדית בעיר, בראשות הרב יעקב חי זריהן, והקימו את הוועד להקמה מחדש של בית הכנסת. בתמוז אותה שנה הופץ כרוז אשר כותרתו הייתה "מה נורא המקום הזה, אין זה כי אם בית אלקים". בעקבות זאת תרמו 228 משפחות מטבריה סכום כולל של 1228 לירות א"י, ובראשית תש"י (1950) הושלמה הבניה ובית הכנסת נחנך.
שלטים וכתובות
על קיר בית המדרש בצד הקרוב אל הטיילת מוצב שלט (בתמונה משמאל) ובו כתוב:
בית המדרש הספרדי העתיק
עץ חיים אבולעפייה זיע"א
ע"ש הרב הגדול הצדיק המופלא מופת הדור והדרו
המייסד והבונה את טבריה עיה"ק בשנת הת"ק
מורנו ורבנו החכם השלם המלומד בנסים
רבינו חיים אבולעפייה זצוק"ל זיע"א
נולד בחברון עיה"ק בשנת הת"כ (1660)
נלב"ע בטבריה עיה"ק ו' בניסן התק"ד 1744
והוא משבט יהודה מזרע המלוכה
והוא השיב את תהלת ישראל לטבריה עיה"ק
שלט הכניסה לבית הכנסת חובר ע"פ הספר "טבור הארץ" (לר' משה קליערס) המספר את סיפור טבריה בתקופתו של רבי חיים אבולעפיה ובו כתוב:
מה יפית ומה נעמת בי כנישתא רבא דטבריא ויהללוה בשערים בת ציון
בבסיס ההיכל בבית הכנסת נמצאת אבן המעוצבת כמגן דוד העומד על זוג ענפים, בתוכו פרח ומעליו כתר. על סרט החרוט על האבן נכתב "בי כנשתא רבא דטבריא" ובשני קצותיו חרוטות המילים "שנת תרצ"ג".
המקווה במבנה
בבנין בית הכנסת פועל מקווה ייחודי, אשר מחובר לכנרת והוא מתמלא ממימיה על פי חוק כלים שלובים. מקווה זה אינו פעיל בצורה תקינה בשנים האחרונות עקב ירידת מפלס הכנרת. לאחר החורף הגשום בשנת ה'תשע"ג עלה מפלס הכנרת והיה ניתן לטבול במקווה אך בשנות הבצורת שלאחר ירד שוב מפלס הכנרת והמקווה ריק ממים.[דרושה הבהרה]
