לעיתים, אזכור השם בא בהקשר לאירועים שהתרחשו בו ואפילו האתר נקרא על שמם. כך למשך מובא מקום, בו חנו שבטי ישראל במסעם במדבר סיני וגם התרחש בו נס הפיכת המים המרים למתוקים – כמו "ויחנו במרה" על שם המים המרים שמצאו במקום.
זיהוי אתרים מקראיים, בדרך כלל, אינו ודאי. מעטים הם האתרים שבהן נמצאו כתובות המציינות את שמם. וגם במקרים אלא לא ברור האם הכלי הוא תוצרת המקום. לדוגמה בחפירות שנערכו בגבעון נמצאו ידיות כדים רבות עם השם גבעון, מכאן עלתה ההשערה שאכן זו גבעון הקדומה. במקום נמצאה בריכת מים, שהתאימה לכתוב במקרא ("הבריכה אשר בגבעון"), הוסיפה נדבך להכרה בשם המקראי של המקום.
קיימים אטלסים מיוחדים, כמו אלה בהוצאת כרטא, שבהם מוצגים האתרים המיקראיים. גם ועדת השמות הממשלתית עושה שימוש בשמות מקראיים. הוועדה מוכנה להעניק שם מקראי גם ליישוב חדש. התנאי שהוא ממוקם במרחק שאינו עולה על 3 ק"מ מהאתר המקראי.
מסעות בני ישראל
רשימה גדולה של אתרים מקראיים מופיעה בתיאור מסעות שבטי ישראל במדבר סיני, כדלקמן:
ועדת השמות הממשלתית וקודמותיה קבעו שמות עבריים ליישובים ולעצמים גאוגרפיים. חלקם התבססו על שמות של אתרים מקראיים הממוקמים בסביבת האתר, המועמד לבחירת שם. השמות שנבחרו נכללו במפות אשר עמדו לרשות תלמידי בתי הספר בימי המנדט הבריטי על ארץ ישראל ובמפות מחלקת המדידות הממשלתית במדינת ישראל. שימוש נרחב בנוהג זה היה בימיה הראשונים של המדינה, כאשר הוקמה הועדה למתן שמות עבריים לנגב. במשך עשר חודשי עבודתה היא נתנה 561 שמות עבריים, מתוכם 29 שמות יישובים, רק לאתרים מדרום לקאורדינטת רוחב 120 – בין אשקלון לבין שפך נחל קדרון.
יהודה זיו, חבר בוועדת השמות הממשלתית, סיפר לבאי הכנס השנתי השלישי הספר והמדבר בארץ ישראל – תשס"ח – 2007, שנערך על ידי מרכז סיור ולימוד סוסיא, בסוסיא, בחנוכהתשס"ח, כי בעקבות מבצע עובדה נתווסף במרץ1949 למדינת ישראל כל הנגב. דוד בן-גוריון הגיע למסקנה כי יש לתת שמות עבריים לאתרים בנגב. עיקר עיסוקה של הוועדה היה קביעת שמות עבריים ל"עצמים גאוגרפיים". אמרו אז על בן-גוריון "כי החליט "בראשית – שֵמוֹת !", ויקרא במדברדברים – כלומר מתן שמות עבריים למקומות הוא שלב בדרך ל"חזון הפרחת השממה".
המפה החדשה, אשר יצאה בשנת 1950 וכללה את השמות החדשים היא המפה היחידה של מחלקת המדידות הממשלתית אשר לצד השם העברי החדש של המקום הופיע גם השם הערבי הקודם. במפה נקבעו שמות עבריים גם לאתרים מעבר להקו הירוק בתוך תחומי ממלכת ירדן. וכך במפות שהיו לרשות הציבור הופיעו אתרים מקראיים בשמות המקוריים כמו: שכם, חברון, עין גנים (אתר מקראי) – היא ג'נין.
