התנאים בריצת המרתון היו קשים. הריצה התנהלה בדרך עפר בין הגבעות לאורך 40 ק"מ ולוותה בעננים של אבק שהעלו הרכבים שליוו את הרצים. הטמפרטורה באותו היום הייתה חמה ועמדה על 32 מעלות צלזיוס ובנוסף הייתה רק תחנה לשתיית מים אחת במחצית הדרך. רק 14 רצים מתוך 32 הצליחו לסיים את הריצה. בריצה השתתפו טובי רצי המרתון מארצות הברית ביניהם, סמי מלור (אלוף מרתון בוסטון בשנת 1902), ג'ון לורדון (אלוף מרתון בוסטון בשנת 1903) ומייק ספרינג (אלוף מרתון בוסטון בשנת 1904), שלושתם לא הצליחו לסיים את הריצה. במהלך הריצה נראה תומאס היקס תשוש ולכן קיבל מעוזריו ברנדי, חלבון ביצה ושתי מנות של סטריכנין (1 מ"ג כל אחת) שסייעו לו לסיים את הריצה (מנה נוספת של סטריכנין יכלה להיות קטלנית עבורו). לאחר שחצה את קו הסיום הוא התמוטט. חלומו לזכות בריצה נגוז לאחר שראה שפרדריק לורז אף הוא מארצות הברית כבר הספיק לחגוג את "ניצחונו" ולהצטלם כאלוף האולימפי בריצת המרתון עם אליס רוזוולט בתו של נשיא ארצות הבריתתאודור רוזוולט. מאוחר יותר התברר שלורז רימה בתחרות. לאחר ריצה של 14.5 ק"מ הוא עבר לנסיעה נעימה ברכב עם מאמנו כ-17.7 ק"מ עד שמכוניתם הפסיקה לעבוד. את יתרת הדרך עבר בריצה וניכנס ראשון לאצטדיון. לאחר שהתגלתה התרמית מדליית הזהב הועברה להיקס. להגנתו טען לורז שעשה זו כבדיחה עליה התנצל.
(•) האתלט הצרפתיאלבר קורה קיבל "זהות כפולה" במשחקים האולימפיים. הוא זכה במדליית כסף בריצת מרתון ונירשם על ידי הוועד האולימפי הבינלאומי כאתלט אמריקאי, אך בתחרות הקבוצתית ריצה ל-4 מייל הוא נירשם כצרפתי ולכן הקבוצה שבה השתתף נחשבת, נבחרת מעורבת.
תחרות ה"טריאתלון" הייתה ייחודית לאירוע זה ולא נערכה כמוה באולימפיאדות הבאות. היא אינה טריאתלון המקובל כיום. לכאורה היא הייתה שילוב בין אתלטיקה להתעמלות, אך בפועל כללה קפיצה לרוחק, הדיפת כדור ברזל וריצת 100 מטר.