מיקומו בסמיכות לריף האלמוגים החי בחוף הים בוואיקיקי (שכונה של הונולולו), והאקווריום מהווה בית ל-3,055 אורגנזימים מ-464 מינים של צמחים ובעלי חיים ימים. באקווריום מבקרים מדי שנה למעלה מ-350,000 מבקרים. האקווריום עוצב כחלק ממערכת הלמידה האקולוגית החופית של תוכנית שותפות החופים האמריקנית הפדרלית.
שמו המדעי של דג הפרפר ההוואיאני הוא Chaetodon tinkeri על שמו של ספנסר טינקר, מי שהיה יו"ר האקווריום השני, החל משנת 1940.
לאיסוף הדגים החיים של האקווריום יש היסטוריה שנויה במחלוקת. בשנת 1973, קבוצה מודאגת מפעולות האיסוף טופלה תחילה על ידי אגף משאבי האוקיינוסים הוואיאנית בדרישה לקבלת מידע חודשי על האוסף. עליה באיסוף הדגים יחד עם מודעות ציבורית גוברת של ירידת אספקת הדגים התפתחה בסופו של דבר למחלוקת קשה בין אספני הדגים ותעשיית סיורי הצלילה.
כתגובה לירידה בכמות דגי השונית בשל אספני האקווריום, בית המחוקקים של מדינת הוואי, במסגרת חוק מס' 306, הקים בשנת 1998 באזור מערב הוואי אזורי מדגה מנוהלים כדי לקדם את הניהול של משאבי דיג. פרויקט הניהול קיבלה תמיכה של 93% בשימוע ציבורי ולאחר מכן אושרה על ידי המושל.
פיתוח ותנאים
אקווריום ואיקיקי פתח צגים של אלמוגים חיים החל מאמצע שנות השבעים. במבנים אלה היה האקווריום מסתמך על זרימה קבועה של מי ים ולכן המצב מי הים באקווריום לא היה כל כך שונה מאלה של השונית בחוץ.
גידול אלמוגים חיים באקווריומים הוא מורכב יותר מאשר גידול דגי ים. עובדי האקווריום חייבים להיות מודעים יותר לצרכים הפיזיים, הכימיים והטבעיים של האלמוגים כדי להצליח. תאורה, כימיית המים, תנועת המים וטמפרטורה הן הבעיות העיקריות בתהליך שימור אלמוגי האקווריום חיים.
אקווריום ואיקיקי היה האקווריום הראשון בעולם שהחזיק ברשותו נאוטילוס והראשון שגידל אותם.