בתקופת כהונתו הארוכה ניסה מוצ'ניגו לשקם את כלכלת העיר, שהתדרדרה בשל אובדן השליטה בשטחים רבים בשנים שקדמו לשלטונו. מוצ'ניגו כרת הסכמי סחר עם טריפולי, תוניסיה, מרוקו, רוסיה וארצות הברית - מדינות אשר ונציה לא סחרה עימן בעבר.
כמו כן הגביל מוצ'ניגו את זכויות אנשי הכנסייה בעיר, צעד אשר הרע את היחסים בין ונציה לבין האפיפיורקלמנס השלושה עשר.