מרקאנו התחיל את הקריירה שלו במחלקת הנוער של ראסינג סנטאנדר וערך את הופעת הבכורה שלו בקבוצה הבוגרת ב-2007.
ב-2009 חתם בויאריאל והושאל לקבוצות חטאפה ואולימפיאקוס. ב-2012 חתם ברובין קאזאן וב-2014 חזר בהשאלה לאולימפיאקוס.
ב-2014 חתם בפורטו. ב-6 בנובמבר2016, לאחר מספר הזדמנויות שבהן ענד את סרט הקפטן כמחליף, מרקאנו שימש כקפטן לראשונה כשחקן הרכב פותח, בתיקו 1–1 ביתי מול בנפיקה. הוא הבקיע את שערו הראשון בליגת האלופות ב-17 באוקטובר 2017, בהפסד 3-2 בחוץ מול ר.ב. לייפציג.[1] ב-2018 חתם ברומא לעונה אחת לפני שחזר לפורטו.
