ב-31 באוגוסט2011 חתם לארבע שנים במכבי חיפה, ששילמה עבורו מיליון דולר[1]. כעבור עשרה ימים ערך את הופעת הבכורה שלו בקבוצה, במשחק מול מועדון ספורט אשדוד. במרץ 2012 נפצע, והחמיץ את המשך העונה. בעונה שלאחר מכן נפצע שוב לתקופה ארוכה, ובמרץ 2013 חזר להרכב הקבוצה.
בתחילת עונת 2014/2015 שיחק עם הפועל תל אביב במוקדמות הליגה האירופית, וב-21 באוגוסט2014 סוכם על חזרתו למכבי חיפה[4]. עד תום עונה זו ערך 33 הופעות ליגה במדי מכבי חיפה, ובכולן השלים 90 דקות. בעונת 2015/2016 ערך 23 הופעות ליגה וזכה עם מכבי חיפה בגביע המדינה, לאחר ניצחון על מכבי תל אביב במשחק הגמר.
ב-10 באוגוסט2016 שוחרר ממכבי חיפה וחתם על חוזה לשלוש שנים בהפועל תל אביב[5]. בתום 2016/2017 ירד עם הקבוצה לליגה הלאומית, לאחר שנכנסה להליך של פירוק וממאזנה בטבלה הופחתו תשע נקודות[6]. בעונת 2017/2018 החל לשמש כקפטן משנה בקבוצה, וענד את סרט הקפטן כאשר אביחי ידין לא שיחק. ב-2 בינואר2018 האריך את חוזהו במועדון לארבע וחצי עונות נוספות[7]. בסך הכול בעונה זו כבש שלושה שערים ב-31 הופעות, ובסופה עלה עם הקבוצה בחזרה לליגת העל. בעונת 2018/2019, לאחר עזיבתו של ידין, מונה דגני לקפטן הקבוצה וערך 27 הופעות בליגת העל.
לקראת עונת 2019/2020 נקלע דגני לעימות מול הנהלת הפועל תל אביב, לאחר שביקש העלאה בשכרו ובתגובה נלקח ממנו סרט הקפטן[8][9], אך לפני מחזור הפתיחה הודיע כי יישאר במועדון[10]. לאחר מינויו של ניר קלינגר למאמן הפועל תל אביב במקומו של ניסו אביטן בנובמבר 2019, חזר לשמש כקפטן הקבוצה[11]. בעונה זו כבש שער אחד ב-27 הופעות ליגה, ובסופה העפיל עם הקבוצה לפלייאוף העליון ולחצי גמר גביע המדינה.
