המשחק מציב מעין סיפור מטאפורי בו כפפה ענקית - The Master Hand, אשר ככל הנראה מיצגת את יוצר המשחק, לוקחת בובה של אחד השחקנים משולחן העבודה של יוצרי המשחק ובעצם "מפיחה בה בחיים". במשחק זה אין עלילה של ממש ובעצם כל מטרתו היא הפגשת דמויות מוצלחות של חברת נינטנדו לקרב זו מול זו ללא סיפור או מסגרת אמיתית.
במשחק ישנן שתי מערכות קרב מרכזיות:
מצב הרפתקה
במצב זה ישנם מספר שלבים בדרגת קושי שעולה משלב לשלב. בכל שלב יש לנצח תחת מגבלת זמן יריב או מספר יריבים כדי לעבור לשלב הבא:
ממלכת הפטריות - האחים סופר מריו (ניתן לשחק בזירה זו לאחר גמירת מצב השחקן היחיד עם כל שמונת השחקנים המקוריים ומשחק בכל הזירות ב-VS Mode)
בשלבים אלה ניתן לפגוש את הדמויות ולהילחם איתן על ידי מתקפות וחפצי עזר (חלקם קסומים) כגון: פטיש מלחמה, מניפה, פרח האש מ"האחים סופר מריו" ופוכדור (ממנו יוצא פוקימון שיתקוף את היריב) מ"פוקימון".
בסוף כל קרב אשר בו מנצח השחקן נערך לו חישוב נקודות בו נחשבים מספר אלמנטים כמו זמן, כמות פגיעות, שימוש בחפצים קסומים ועוד מספר קריטריונים דומים.
בשלבים האחרונים ניתן להילחם מול דמויות שאיתן לא ניתן לשחק, כגון קבוצת פוליגונים, מריו מתכתי, דונקי קונג ענק והאחרונה שבהן היא כפפה ענקית הנקראת "Master Hand" ומייצגת את יוצר המשחק ככל הנראה. כאשר היא מובסת, השחקן (דמות המשחק) הופכת בחזרה לבובה אשר מונחת בחזרה על שולחן העבודה של יוצר המשחק, וכך נסגר לו מעגל. לאחר מכן, מוצגים הקרדיטים שמפרטים את יוצרי המשחק וברכת "כל הכבוד" מוצגת על המשחק.
לחימה בקבוצות
האפשרות השנייה היא לחימה בקבוצות. זוהי לוחמה חופשית בה ניתן לשלב עד ארבעה שחקנים, לקבוע מערכת קרב (זמן או פסילות), לקבוע מיקום, לקבוע רמת קושי לשחקנים ממוחשבים (הנעה בדירוג עולה מ-1 ועד 10) ולקבוע אלמנטים נוספים כמו כמות חפצי הקסם וכדומה.
