RNA פולימראז II הוא אנזים הנמצא בתאים אֵיקַרְיוֹטִיים. הוא מזרז שעתוק של DNA ל־mRNA, snRNA ו-microRNA ראשוניים. לרוב האורגניזמים יש 12 תתי-יחידות של RNA פולימראז II, עם מסה של 550 kDa.‏^[1] RNA פולימראז II הוא הסוג הנחקר ביותר של RNA פולימראז. מספר רב של גורמי שעתוק דרוש לקישור לפרומוטורים ולתחילת השעתוק.

• RPB1 - היחידה הגדולה ביותר של האנזים. באדם מקודד על ידי הגן POLR2A. הוא חיוני לתפקודו של הפולימראז. יחד עם יחידות פולימראז נוספות, הוא יוצר את המתחם קושר ה-DNA של הפולימראז, תעלה שבה ה-DNA משועתק לרנ"א.
• RPB2 - היחידה השנייה בגודלה שבשיתוף עם שתי יחידות פולימראז אחרות יוצרת מבנה בתוך הפולימראז השומר על הקשר בין ה-DNA לבין ה-RNA המסונתז באתר הפעיל של האנזים.
• RPB3 - תת-היחידה השלישית בגודלה. מתקיימת כהטרודימר עם יחידת פולימראז נוספת. באינטראקציה עם RPB1-5,7,10-12.
• RPB4 - מקודד על ידי POLR2D. תת-היחידה הרביעית בגודלה וייתכן ויש לה תפקיד בהגנה מפני עקה.
• RPB5 - באדם מקודד על ידי POLR2E. שתי מולקולות של תת-היחידה נמצאות בכל RNA פולימראז II. נמצא באינטראקציה עם RPB1,3,6.
• RPB6 - יוצר מבנה עם לפחות שתי תת-יחידות נוספות שמייצב את הפולימראז על ה-DNA.
• RPB7 - מקודד על ידי POLR2G וייתכן ויש לו תפקיד בבקרה על פעילות הפולימראז
• RPB8 - נמצא באינטראקציה עם תת-יחידות RPB1-3,5,7.
• RPB9 - התעלה שבה ה-DNA משועתק ל-RNA; בנוי מ-RPB9 ו-RPB1.
• RPB10 - תוצר של הגן POLR2L. באינטראקציה עם RPB1-3, 5 ו-RPB3.
• RPB11 - בנוי משלוש תת-יחידות באדם.
• RPB12 - מגיב עם RPB3.

ב-RNA פולימראז נמצא מתחם קצה C ‏(C-terminal domain; CTD) - חלק זה אחראי על תחילת השעתוק, על תהליך ה-capping בקצה ה-5' וקישור של ספלייסוזום עבור שחבור. הרצף מורכב לרוב מעד 52 רצפים חוזרים של חומצות האמינו Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Ser. ה-CTD הוא נקודת השקה בין מערכת השעתוק למערכת עיבוד ה-RNA - כאשר הודות למודיפקיציות זרחון שונות שלו מסוגלים להיקשר אליו פקטורים שונים המעורבים בתהליכי עיבוד RNA.

מדיה וקבצים בנושא RNA פולימראז II בוויקישיתוף