התקופות הגשומות הן בין מרץ למאי ובין אוגוסט לנובמבר, ובכל חודש יורדים לכל הפחות 50 מילימטרים של גשם בממוצע. הערפל בעונת היבשה הוא אחד מהגורמים המעודדים שגשוג אפיפיטים, חזזיות, וטחבים. הטמפרטורה היומית הממוצעת היא כ-24°C.
מחקר, שימור ואיומים
השמורה הוספה לרשימת אתרי המורשת העולמית בסיכון בשנת 1997. האיומים העיקריים על השמורה היו בירוא יערות, הנגרם בעיקר על ידי חקלאות ושרפות, ציד מסחרי וכרייתזהב. המלחמה בחלק המזרחי של המדינה החלה להשפיע על השמורה בשנת 2005, וגרמה לחלק מהצוות להימלט או להתפנות. בעוד שאנשי המבוטי והבנטו רוחשים כבוד ליער ולשמורה, המהגרים שהגיעו לאזור גרמו לפגיעה מסוימת. גורם נוסף להתדרדרות מצב השמורה הוא המחסור במימון הנובע מהתנאים הפוליטיים והכלכליים. קיימות תוכניות לפיתוח התיירות האקולוגית באזור מתוך כוונה להגביר את העניין הציבורי ולגייס מימון.
בשמורה שוכן מרכז השימור והמחקר אפולו (Epulu Conservation and Research Center), שהוקם ב-1928 על ידי האנתרופולוג האמריקני פטריק פוטנאם. בתחילה לכד המרכז את האוקאפים ושלח אותם לגני חיות באמריקה ובאירופה. במשך השנים שינה את מדיניותו, והאוקאפים נלכדים, מגודלים בשבי, וחלק מהצאצאים שלהם נשלחים לגני חיות על מנת להבטיח את השונות הגנטית שלהם. המרכז אחראי גם פעולות המחקר והשימור בשמורה.
פלורה
גשר עץ באזור הביצותאוקאפי
השמורה מחולקת לארבעה אזורים:
יער ביצה המשתרע על פני רצועות צרות לאורך תעלות ניקוז החוצות את השמורה.
יער מעורב המשתרע על פני שטח של 9.1 הקטאר, שגובה העצים בו הוא בין 30 ל-40 מטרים בשטחו של היער תועדו כ-302 מינים של עצים ו-130 מינים של ליאנות.
יער מ'באו (Mbau) המאופיין על ידי מינים ממשפחת הקטניות. גם בו נע גובה העצים בין 30 ל-40 מטרים, החופה צפופה ואחידה וצמחיית הקרקע פתוחה. באזור היער הרגיל (40 הקטאר) תועדו 670 מינים של צמחים.
יער שניוני המתפתח באזורים שבעבר התרחש בהם בירוא יערות. באזור זה גדלים שני מינים מאוימים של ציקסינים (Encephalartos marunguensis ו-E.schmitzii).
^Hart,T.& Mwinyihali R.(2001). Armed Conflict and Biodiversity in Sub-Saharan Africa: The Case of the Democratic Republic of Congo (DRC). Biodiversity Support Program / WWF, Washington, D.C.
