בהמשך המלחמה מונה למפקד פלוגה בגדוד 22, בדרגת סגן ראשון, והיה אחד מהאחראים לטבח חולא. סמג"ד בחטיבה, דב ירמיה, גילה זאת, ולהיס טען בפניו כי הייתה זו נקמתו על רצח חברו הטוב ביותר בטבח בית הזיקוק בחיפה. בעקבות כך הדיח אותו ירמיה מתפקיד המ"פ. להיס הועמד לדין בבית דין צבאי באשמת רצח של אנשים אחדים. במשפטו טען שהפשע בוצע מחוץ לגבולות ישראל, ולכן הדין הישראלי אינו חל עליו. בית הדין הצבאי דחה טענה זו, אבל אִפשר דחייה במשפט על מנת לאפשר עתירה לבג"ץ.[3] בדיון בבג"ץ טענה המדינה כי אין לבג"ץ סמכות לפרש את החוק הצבאי. בפברואר 1949 דחה בג"ץ את הטענה של להיס ואת טענת הממשלה, ואפשר למשפט להמשיך.[4] להיס הואשם שב-31 באוקטובר רצח 18 אנשים, ולמחרת רצח 15 אנשים. הוא זוכה מחמת הספק מהאשמה הראשונה, אך הורשע באשמה השנייה ונדון לשבע שנות מאסר. להיס ערער על ההרשעה ועל העונש בפני בית הדין הצבאי העליון שבראשות האלוף איתן אבישר. בית הדין הותיר את ההרשעה בעינה, אך הפחית את העונש לשנת מאסר אחת, שאותה ריצה במעצר פתוח במחנה פיקוד הצפון.[5] בג' באיירה'תש"י (יום העצמאות) ביטל נשיא המדינה, חיים ויצמן, את העונש שהוטל על להיס.[6]
ב-1955 קיבל להיס חנינה בדיעבד מנשיא המדינה יצחק בן-צבי. במהלך השנים שינה להיס את גרסתו לגבי מה שהתרחש בטבח חולא, כדי להצדיק את מעשיו, ובריאיון איתו מ-2010 טען טענות המנוגדות לאירועים שפורטו בכתב האישום. לדבריו התרחש כביכול קרב קשה לכיבוש הכפר, והטבח לא בוצע על ידי חטיבת כרמלי אלא על ידי חיילים מחטיבה אחרת.[7]
בשנת 1980 התבקש לאסוף מידע על ממדי ההגירה מישראל לארצות הברית. הדו"ח של להיס העריך שבין 300,000 ל-500,000 ישראלים חיים בארצות הברית כאשר רובם מרוכזים בניו יורק ובלוס אנג'לס. בשנת 1981 התפטר מתפקידו בעקבות ביקורתו על ממדי הירידה מהארץ אותה חשף בדו"ח ובעקבות סכסוך עם אריה דולצ'ין.[11]
