נולד בפדובה לרבי מאיר קצנלנבוגן ("מהר"ם מפדובה") ולחנה נכדתו של רבי יהודה מינץ, רבה של פדובה וראש הישיבה בעיר. כבר בצעירותו בלט בכשרונותיו והתמנה לחבר בית הדין בוונציה. משנת שכ"ה שימש כרב ראשי וראש ישיבה בוונציה.
המהרשי"ק עמד בקשרי מכתבים עם גדולי יהדות פולין המהרש"ל והרמ"א. חלק מחילופי המכתבים הודפס בתוך ספרי השו"ת שלהם ובספרים נוספים. כן עמד בקשר עם רבי יוסף קארו שאף שלח אליו מחיבוריו. התפרסם גם כדרשן. שתים עשרה מדרשותיו ובהם גם הספדו על קרובו הרמ"א נדפסו על ידי תלמידו בחייו. חיבורים נוספים שלו הוזכרו על ידו או על ידי תלמידיו אך נשארו בכתב יד ולא הודפסו.
נפטר בו' בניסן שנ"ז (1597) ונקבר בפדובה,[1] מקום קבורתם של רבים מרבני יהדות ונציה ומנהיגיה. תלמידו, רבי יהודה אריה די מודינה תיאר את דמותו המיוחדת בהספד שנשא עליו: ”כל יודעו ומכיר יודע כי היה תוארו ומראהו כמראה איש האלהים נורא מאוד, וכל מי שלא ראהו מימיו היה אומר בפוגעו בו כי הוא זה”. אברהם כהנא בהערותיו לספר "חיי יהודה" (קיוב תרע"ח) כתב שעד זמנו עוד היו נוהגים לערוך תפילות מיוחדות ליד קברו של המהרשי"ק.
בנו, רבי שאול וואהל נשלח ללמוד בישיבות בפולין והשתקע שם. על פי האגדה שימש כמלך פולין ליום אחד.
