רוטר היה ב-1970 מנהל אגף המחקר והתכנון במוסד לביטוח לאומי[1] ובשנת 1975 הוא כיהן כמשנה למנכ"ל המוסד[2]. בסוף שנת 1976 הוא התמנה למנכ"ל המוסד לביטוח לאומי, בעקבות מעבר עמירם סיון לכהן כמנכ"ל משרד האוצר[3].
בתחילת פברואר 1982 ביקש בן-ציון רובין, סגן שר הרווחה מטעם תמ"י, לפטר את רוטר כדי למנות איש מטעמו בראש המוסד. כוונתו הושעתה על ידי מנחם בגין[4], אך בהמשך שנת 1982 הפיטורים יצאו אל הפועל בידי שר הרווחה מטעם תמ"י, אהרן אוזן. רוטר עבר לכהן כמנכ"ל מכבי שירותי בריאות, תפקיד שהוא מצא קרוב לעיסוקו הקודם בביטוח הלאומי[5]. במהלך כהונתו הוביל רוטר את מכבי מכ-300,000 מבוטחים לקרוב למיליון מבוטחים[6].
