המין חי בעיקר באזורים הפחות צפופים של שונות אלמוגים, ואף בחופים סלעיים בהם אין אלמוגים כלל. הוא מגיע לעומקים של עד 13 מטר. כמו מרבית בני משפחת הקיסריים, קיסר הכתם מתאפיין בגוף צבעוני ובולט.
קיסר הכתם צעיר
קיסר הכתם קיבל את שמו מתצורת צבעיו כבוגר, המתאפיינת בגוף כחול בוהק וכתם צהוב אנכי במרכז גופו. קיסר בוגר מגיע לאורך של 50 סנטימטר. כמו בדגי קיסר רבים אחרים, הצעיר נראה שונה מאוד מהבוגר, ומתאפיין בפסים שחורים, כחולים ולבנים. צבעיו של דג הקיסר, כמו צבעיהם של קיסרים אחרים, הפכו אותו לפופולרי בקרב צלמי טבע ומגדלי דגים.
קיסר הכתם דומה מאוד לקרובו הקיסר הים-סופי, שחולק איתו את חלק מתפוצתו בים האדום ובמפרץ הפרסי. ההבדל הניכר ביותר ביניהם הוא צבע הזנב. בעוד שלקיסר הכתם יש זנב כחול דהוי, לקיסר הים-סופי יש זנב צהוב בוהק.
