קיסריון נולד בשנת 47 לפנה"ס בעקבות פרשיית אהבים שניהלה אימו, המלכה קלאופטרה השביעית, עם המצביא הרומאי יוליוס קיסר בעת שהותו במצרים.
את שנותיו הראשונות קיסריון בילה ברומא עם אימו כאורחיו של קיסר. קלאופטרה קיוותה שקיסריון יירש את אביו כשליט הרפובליקה הרומית ואותה כמלך הממלכה התלמית, אולם אחרי רציחתו של קיסר באידו של מרץ44 לפנה"ס היא חזרה עם בנה למצרים.
אחרי סיום מלחמת האזרחים ברומא, מרקוס אנטוניוס ששלט במזרח מטעם הטריומווירט השני והפך למאהבה של קלאופטרה התייחס אל קיסריון כבן למשפחת היוליים ואף הכריז עליו כבנו של קיסר ויורשו, מהלך זה גרם לפריצת הקרע עם אוקטביאנוס שאותו אימץ קיסר כבנו בצוואתו. בנוסף לכך קיסריון הוכתר למלך הממלכה התלמיית לצד אימו.
אוקטביאנוס פלש למצרים בשנת 30 לפנה"ס, ולאחר שניצח את מרקוס אנטוניוס וקלאופטרה בקרב אקטיום, קלאופטרה שלחה את קיסריון יחד עם סכום כסף גדול לכיוון אזור הודו של היום דרך אתיופיה, מתוך כוונה להבריח אותו ממצרים. לאחר שאוקטביאנוס כבש את אלכסנדריה, מרקוס אנטוניוס וקלאופטרה התאבדו.
אוקטביאנוס, שראה את קיסריון כאיום על מעמדו כיורשו של קיסר, פיתה את פמלייתו להחזיר אותו לאלכסנדריה, שם הוא לכד אותו והוציאו להורג.