במקביל ללימודיו בישיבת חברון, היה פעיל בתנועת הנוער הדתית בני עקיבא. הוא היה סמן תורני בתנועה, ובמלאת 10 שנים לבני עקיבא, כאשר החל להופיע ביטאון התנועה "זרעים" בעריכת הרב משה צבי נריה, פרסם קפלן בגיליונותיו השני והשלישי, מאמר ארוך בשם "מעט חשבון נפש", שבו קרא להגברת החינוך התורני בתנועה. בסיומו של המאמר הציע שכל חניך בתנועה יקבל על עצמו ללמוד שנה אחת בישיבה, אחר סיום לימודיו בבית הספר היסודי. היה בהצעה זו חידוש גדול כי הדבר כלל לא היה מקובל, וקריאה זו היוותה למעשה את הדחיפה הראשונה להקמת ישיבת בני עקיבא בכפר הרוא"ה, כשנה לאחר מכן.
שמו של הרב צבי קפלן מוכר לרבים כמחבר "שיר הישיבה" הנודע יותר בשם "בראשית הייתה מחשבה". שיר זה הושר כבר בידי מחזוריה הראשונים של ישיבת בני עקיבא בכפר הרואה, היה לחלק קבוע ברפרטואר בכל ההופעות של להקות בני עקיבא.
כתבי העילוי מראקוב, משרידי עיזבונו של אחד מגדולי יהדות ליטא; נתפרשו והובאו לדפוס על ידי נכדו צבי בהרא"א קפלן ; ונלוו עליהם הגהות מאת הרב צבי טרויב, א-ב, ירושלים תשכ"ג.
דורש לציון: מאסף דברים לפרשיות השבוע ולמועדי השנה, לזכר ר' ברוך דובדבני, ירושלים 1987.
^מדברי השופטים לפרס זה: ”... יש כאן עבודה גדולה ומקיפה על שיטת הרמב"ם בדבר דמותו של המלך והמנהיג בישראל... לפנינו יצירה לתפארת פרי עמל של שנים – באיסוף מקורות לכל מילה בדברי הרמב"ם, בדקדוק עמוק גם בסדר ההלכות ופרטיהן על פי הראשונים והאחרונים ובתוספת נופך משלו, בשפה ברורה נעימה ומדוייקת וראויה בהחלט לשם הקולע 'מלך ביופיו'. המחבר זכה בצעירותו להפגש עם הרב קוק זצ"ל ולהתבשם מתורתו. הוא הוציא לאור ספר בשם 'בשיפולי גלימתו' על הרב קוק וכן מאמר על דרכו של הרב קוק בהלכה. לאור כל האמור החליטה ועדת השופטים פה אחד על הענקת פרס הרב קוק לשנת תשס"ד לרב צבי קפלן”.
