בניגוד להייזנברג, הוא לא היה מעורב בפרויקט הגרעין של גרמניה הנאצית במלחמת העולם השנייה. כאשר הייזנברג נסע לברלין בשנת 1942, הונד השתלט על המנהל במכון לפיזיקה של לייפציג. בשנת 1943, זמן קצר לפני פסקואל יורדן, הוא קיבל את מדליית מקס פלאנק, הפרס הגבוה ביותר לפיזיקה תאורטית של החברה הפיזית הגרמנית, שלא הוענקו מאז 1939. לאחר המלחמה הוא הפך לפרורקטור בלייפציג בשנת 1945. כאשר צבא ארצות הברית נסג מגרמניה בסוף יוני 1945, פרופסורים רבים נלקחו במשאיות. הונד מצא זאת על פי רישומיו כ"שליחה לעבדות". הוא זעם בטענה כי "פרופסורים הוחלפו כמו חלקי מכונה". הוא הסתתר כדי לא להיות מועבר למחסן בגרמניה המערבית.
בשנת 1946 הפך הונד לפרופסור באוניברסיטת ינה. על פי הצהרותיו, הוא רצה להימנע מלבזבז את שארית חייו בבניית מכון חדש לפיזיקה בלייפציג. בניגוד ללייפציג, המכון בינה לא נהרס ועבדו בו עוד עמיתים.
רוברט ס. מוליקן, שזכה בפרס נובל לכימיה לשנת 1966 לתאוריית המסלול המולקולרי, הכריז תמיד על ההשפעה הגדולה שהייתה לעבודתו של הונד בעצמו ושהוא היה חולק בשמחה את פרס נובל עם הונד. מתוך הכרה בחשיבות התרומות של הונד, תאוריית המסלול המולקולרי מכונה לעיתים קרובות בתור תאוריית הונד-מוליקן. עקרון הריבוי המקסימלי של הונד נקרא גם כן על שמו, ובשנת 1926 גילה הונד את מה שנקרא אפקט המנהרה או מנהור קוונטי.
הוא נישא למתמטיקאית אינגבורג סיינשה (1905–1994) ב-17 במרץ 1931. למשפחה נולדו שישה ילדים: השחמטאי והמתמטיקאי גרהרד הונד (נ' 1932), דיטריך (1933–1939), אירמגארד (נ' 1934), מרטין (1937–2018), אנדראס (נ' 1940) וארווין (1941–2022). ברברה הונד המחזיקה בדרגת רב-אמן בשחמט (נ' 1959) והשחמטאית איזבל הונד (ילידת 1962) הן נכדותיו.
בנוסף לכבוד הרב שניתנו לו, הפך פרידריך הונד לאזרח כבוד של ינה/סאלה, ועל שמו נקרא רחוב בינה. ביוני 2004, חלק מבניין חדש של המחלקה לפיזיקה בגטינגן קיבל את הכתובת Friedrich-Hund-Platz 1. אותו שם נבחר עבור המכון לפיזיקה תאורטית באוניברסיטת גטינגן.
