פרוטוזואולוגיה הוא התחום המדעי בביולוגיה העוסק בחקר תת-הממלכה פרוטוזואה, ששייכת לממלכת הפרוטיסטים. פרוטיסטים הם יצורים איקריוטיים שאינם בעלי חיים, צמחים או פטריות.