פרוטאוגליקן (אנגלית: Proteoglycan) הוא סוג מיוחד של חלבון הקשור לקבוצות סוכר רבות. לפרוטאוגליקן ליבה חלבונית המחוברת לשרשרת פחמימנית אחת או יותר של גליקוזאמינוגליקן (GAG). קישור לקבוצות סולפט וחומצה יורונית גורם לשרשרות להיות טעונות שלילית בתנאים פיזיולוגיים.
ניתן לסווג את הפרוטאוגליקנים על פי השרשרת המחוברת אליהם:
ניתן גם לסווג על פי גודל. דוגמה לפרוטאוגליקן גדול הוא אגרקן (aggrecan), הפרוטאוגליקן המרכזי בסחוס. ישנה קבוצה של פרוטאוגליקנים קטנים עשירים בלאוצין המכונים SLRP (ראשי תיבות של small leucine rich repeat proteoglycans).
תפקיד בגוף
פרוטאוגליקנים מהווים רכיב מרכזי במטריצה החוץ-תאית (ECM) של תאיבעלי חיים. הם יוצרים קומפלקסים גדולים יחד עם פרוטאוגליקנים אחרים וסיבי המטריצה. יש להם תפקיד גם בקישור למולקולות טעונות חיובית (כגון נתרן, סידן ואשלגן) ולמים ולבקרה על תנועה המולקולות דרך המטריצה. יש ראיות גם על השפעה של הפרוטאוגליקנים על הפעילות והיציבות של חלבונים ומולקולת סיגנל במטריצה. היכולת הספציפית של כל פרוטאוגליקנן נגזרת מאופי הליבה החלבונית וסוג השרשרת הפחמימנית שלו.
חוסר היכולת לפרק פרוטאוגליקנים מאפיינת קבוצת מחלות גנטיות הנקראות מוקופוליסכרידוזות. אובדן הפעילות של אנזימים מסוימים בליזוזום שבאופן נורמלי מפרקים גליקוזאמינוגליקנים גורר הצטברות של פרוטאוגליקנים בתאים. ההצטברות יכולה לגרום למגוון תסמיני מחלה, בהתאם לסוג הפרוטאוגליגן המצטבר.