איימס נולד ב-9 באפריל1758 בדדהאם בפרובינציית מפרץ מסצ'וסטס. אביו, נתנאל איימס, נפטר כשפישר היה רק בן שש, אך אמו, דבורה פישר, החליטה, למרות הכנסתה המוגבלת, להעניק לילד חינוך קלאסי. הוא השתייך לאחת המשפחות העתיקות ביותר במסצ'וסטס ואביו הקדמון היה ויליאם איימס. בגיל שש החל ללמוד לטינית, ובגיל שתים עשרה הוא נשלח למכללת הרווארד, וסיים את לימודיו ב-1774 כשהחל לעבוד כמורה. בזמן שלימד בבית הספר איימס גם למד משפטים במשרדו של ויליאם טיודור. הוא התקבל ללשכת עורכי הדין, והחל לעסוק בכך בדהאם ב-1781.
היה לו אח, שנקרא גם נתנאל איימס. לאחים היו דעות פוליטיות וסגנונות חברתיים הפוכים. נתנאל "נהנה מתפקידו כרופא הארץ, משרת הפרולטריון ואלוף האדם הפשוט". הוא הפך למנהיג המפלגה הדמוקרטית-רפובליקנית בדדהאם. הוא הרגיש בנוח סביב האיכרים והפועלים שאיתם גדל. פישר, לעומת זאת, אהב להתלבש היטב, והתחבר לחברה הגבוהה של בוסטון, והיה פדרליסט רב השפעה. פישר הפעיל את משרד עריכת הדין שלו מהקומה הראשונה של טברנת איימס.
הוא נבחר לעמית באקדמיה האמריקאית לאמנויות ומדעים בשנת 1793. לאיימס היו שישה ילדים, ביניהם ג'ון, סת', וויליאם עם אשתו, פרנסס. איימס היה הבעלים של חווה בפדרל היל בדדהאם שהוא השכיר. אם מזג האוויר היה נאה בזמן שהיה בבית בחופשה מוושינגטון, הוא היה הולך לחווה כל יום כדי לבדוק את היבולים שגדלים שם.
קריירה פוליטית
מסצ'וסטס
בשנת 1788, הוא הפך לחבר בוועידת מסצ'וסטס שאשררה את חוקת ארצות הברית. נאומיו ה"צלולים ומשכנעים" בוועידה עזרו לשכנע מספיק קולות כדי לאמץ את החוקה. מאוחר יותר באותה שנה, הוא נבחר לכהן בבית הנבחרים של מסצ'וסטס לצד נתנאל קינגסברי.
לאחר שפרש מהקונגרס, הוא נשאר בפוליטיקה והיה חבר במועצת המושל מ-1798 עד 1800. בתפקידו החדש, איימס נשא את אחד הנאומים הגדולים על מותו של הנשיא וושינגטון.
איימס כיהן גם בקונגרסים השני והשלישי וכפדרליסט בקונגרס הרביעי. הוא כיהן בקונגרס מ-4 במרץ1789 עד 3 במרץ1797. במהלך הקונגרס הראשון, הוא היה יושב ראש ועדת הבחירות. בשנת 1796, הוא לא הועמד למינוי מחדש, אך חידש את עריכת הדין בדדהאם.
אף על פי שהיה צעיר, הוא נחשב לאחד הנואמים הטובים בקונגרס. איימס נשא את אחד הנאומים הגדולים הראשונים בהיסטוריה של הקונגרס האמריקאי כשדיבר בעד אמנת ג'יי. איימס הגן במרץ על האינטרסים של ניו אינגלנד, כמו התנגדות למס על מולסה. למרות האהדה הפדרליסטית שלו, איימס היה מתנגד למפלגתו כאשר הרגיש שזה לא לטובת המדינה. לדוגמה, בשנת 1789 איימס טען נגד מינויו של תומאס וילינג לנשיא הבנק החדש של המילטון של ארצות הברית.
איימס נהיה מודאג מהפופולריות הגואה של הרפובליקנים של ג'פרסון, שדגלו בארצות הברית לאמץ ממשלה ייצוגית מהסוג הרפובליקני בנוסח הממשל שלאחר המהפכה בצרפת. הפדרליסטים של המילטון (שאיימס היה אחד מהם), אף על פי שגם הם הסכימו עם רפובליקה, דגלו בממשל פדרלי חזק יותר עם סמכויות דומות לדוגמה הבריטית. איימס הרגיש שפדרליזם סביב חוקה ברורה ומוצקה הוא המודל שארצות הברית צריכה ללכת בעקבותיו כדי למנוע מהאומה הצעירה להיכשל. הוא הזהיר מפני עודפי הדמוקרטיה שאינה כבולה על ידי מוסר ותבונה: "ההיגיון הפופולרי לא תמיד יודע לנהוג נכון, והוא גם לא תמיד פועל נכון כשהיא יודע". הוא גם הרגיש שהדמוקרטיה לבדה היא שיטה שברירית מכדי להתנגד לירידה לעריצות. "דמוקרטיה לא יכולה להחזיק מעמד. הטבע שלה קובע שהשינוי הבא שלה צריך להיות עריצות צבאית... הסיבה היא שהעריצות של מה שנקרא העם, ושעל ידי החרב, שניהם פועלים כאחד כדי להשפיל ולהשחית, עד שלא נותרו בני אדם עם הרוח לרצות חירות, וגם לא מוסר עם הכוח לקיים את הצדק כמו המגפה הבוערת שהורסת את גוף האדם, שום דבר לא יכול להתקיים מפירוקו מלבד שרצים". איימס הזהיר את בני ארצו מפני הסכנות של דמגוגים מחמיאים, המסיתים עבור חוסר איחוד ומובילים את ארצם לשעבוד: "המדינה שלנו גדולה מדי לאיחוד, עלובה מדי לפטריוטיות, דמוקרטית מדי לחירות. מה יכול להיות מזה, מי שעשה את זה יודע הכי טוב. סגנו ינהל את זה, על ידי תרגול על האיוולת שלו זה נועד לדמוקרטיות".
דעות על עבדות
איימס התנגד בתוקף לעבדות, וכך גם שני הוריו. איימס תמך בביטול העבדות במסצ'וסטס בתחילת שנות ה-80 של המאה ה-18, ותמך הוצאת העבדות מחוץ לחוק בכל המדינות העצמאיות החדשות לאחר המהפכה האמריקאית. הוא היה מכר אישי של ותיקי בנקר היל פיטר סיילם וסיילם פור, מה שאולי השפיע גם על דעותיו נגד העבדות.
איימס חזר הביתה לדדהאם ב-1797. עם שובו, הוא נבהל מהמספר ההולך וגדל של הרפובליקנים בעיר, ובראשם אחיו נתנאל, שגר בסמוך. בשנת 1798, הוא אירח מסיבת 4 ביולי עבור 60 תושבים, שהייתה רוויה עם שירים ונאומים פטריוטיים. המשתתפים כתבו מכתב מחמיא לנשיא ג'ון אדמס, והבטיחו את תמיכתם אם האומה החדשה תצא למלחמה עם צרפת. בהתייחסו לפרשת XYZ, הם רצו שצרפת תדע ש"איננו נושאים עול זר – לא נשלם בכבוד".
נתנאל איימס כתב ביומנו כי אחיו שכנע "כמה אנשים אחוזי עיניים" לחתום על המכתב על ידי שהרווה אותם באוכל ושתייה. למרות מאמציו של אחיו חבר הקונגרס, נתנאל האמין ש"רוב האנשים" בעיירה היו עם הרפובליקנים. פישר מצדו כתב לשר החוץ טימותי פיקרינג לאחר המסיבה ש"התקדמות הדעות הנכונות" מנצחת בדדהאם על "אולי הרוח הכי רעה שקיימת", המפלגה הרפובליקנית. חברי האליטה הפדרליסטית המשיכו לבקר אותו בביתו בדדהאם, כולל אלכסנדר המילטון ב-24 ביוני1800.
איימס תמך בקריאה של ג'ושוע בייטס ככומר של הכנסייה הראשונה והפרישיה בדדהאם, אך מאוחר יותר עזב את הכנסייה הזו והפך לאפיסקופלי.
בזמן שהשתתף במפגש עירוני בדדהאם, הוא קם לדבר ונשא את אחת מ"פניני הלשון שלו". פועל קם לדבר אחריו ואמר "אדוני מנחה, רהיטותו של אחי איימס לא מזכירה לי דבר מלבד זוהר של גחלילית, שנותנת מספיק אור כדי להראות את חוסר החשיבות שלו." לאחר מכן התיישב מיד.
בשנת 1805, איימס נבחר לנשיא אוניברסיטת הרווארד. הוא סירב לשרת בגלל בריאות לקויה. איימס מת ב-4 ביולי1808. נתנאל התארגנה להלוויה בדדהאם ושלח פרטים להדפסה עבור פרסום. ג'ורג' קבוט שלח עובד לדבר עם אלמנתו של איימס על אירוח ההלוויה בביתו. האלמנה הסכימה. נתנאל האמין שכוונותיו של קבוט היו להביך את העיירה דדהאם בשל דעותיה הפוליטיות הרפובליקניות ולא השתתף. איימס נקבר בבית הקברות של הכפר הישן.